דו"ח המבקר חשף כי ישיבות המקבלות תמיכה כספית ממשרד הדתות, הגישו רשימות תלמידים שכללו שמות של תלמידים הלומדים במוסדות אחרים. הרישום הכפול נועד, ככל הנראה, במטרה להגדיל את מספר התלמידים הרשומים ועל ידי כך להגדיל את התמיכה הכספית הניתנת למוסד.
מדובר בתלמידי ישיבות המסרבות לקבל תמיכה מתקציב המדינה, בעיקר מסיבות אידיאולוגיות. מבדיקה שנערכה ברשימות התלמידים הלומדים בשש ישיבות כאלו בחודשים אפריל- מאי 2001, עולה כי כ-48 אחוזים מהתלמידים היו רשומים במצבת התלמידים כאילו הם לומדים בישיבות שקיבלו תמיכה כספית ממשרד הדתות.
דו"ח המבקר קובע כי: "העובדה ששמותיהם של אותם תלמידים מצויים הן ברשימות של ישיבות שאינן נתמכות... והן בדיווחים שהעבירו למשרד מוסדות אחרים, שנתמכים על ידי המשרד, מעידה לכאורה על כך שהדיווחים של חלק מהמוסדות האמורים לא היו אמיתיים, ומעוררת חשש כי מוסדות מקבלים תמיכה בעבור תלמידים שאינם לומדים בהם".
עוד נכתב בדו"ח: "יש לראות בחומרה, שלמרות ממצאי הדוח הקודם של מבקר המדינה בעניין, לא עשה המשרד די כדי להבטיח גילויים של דיווחים כוזבים".
תמיכה בתלמידים מחו"ל שעזבו את הארץ
מבקר המדינה בדק גם את התמיכה החודשית המוענקת על ידי משרד הדתות למוסדות לימוד תורניים, עבור תלמידים מחו"ל.
בשנת 2001 תמך המשרד בכ-2000 מוסדות, בהם לומדים בעיקר חרדים ודתיים לאומיים, בסכום כולל של 1.037 מיליארד שקל. סכום התמיכה נקבע על פי מספר התלמידים הלומדים במוסד.
מדו"ח המבקר עולה שבין ינואר 2000 לפברואר 2001, עלה מספרם של תלמידים אלה מ-15,942 תלמידים ל-18,429 תלמידים - גידול של 15.6%. הדו"ח מציין כי באותה תקופה חל גידול של 6% בלבד במספר התלמידים אזרחי ישראל.
עוד עולה כי 1770 תלמידים, שבעבורם שולמה תמיכה, יצאו מהארץ במהלך פרק הזמן שבו דיווחו המוסדות על לימודיהם. הדו"ח מגלה כי משרד הדתות אינו בודק את מספרי הדרכונים שהמוסדות מדווחים עליהם, ואם בעלי דרכונים אלה אכן היו בארץ בפרק הזמן שציינו המוסדות בדיווחיהם.
