הביקורת באגף איכות והסמכה העלתה כי מכון התקנים נוהג בסלחנות כלפי לקוחות שהתגלו אצלם ליקויים בבדיקות של מערכות האיכות ובבדיקות ההתאמה לתקן.
לפי נוהלי המכון, אי-קיום בדיקות במועד ודחיית בדיקות לפרק זמן ממושך מסיבות הקשורות ללקוח, או קביעת הציון "טעון שיפור" למערכת איכות בשתי בדיקות רצופות או בבדיקת הערכה מחדש, מחייבים לפתוח בהליכים לביטול האישור שניתן למערכת. אולם, בביקורת מבקר המדינה נמצא שלא תמיד נהג כך המכון.
עוד צוין בדו"ח המבקר כי מכון התקנים לא פעל לביטול זמני או מוחלט של היתר לסימון בתו תקן שניתן למוצרים שהתגלו בהם ליקויים חוזרים ונשנים, ובכללם ליקויים חמורים שעלולים לסכן חיים.
לדעת המבקר, יש חשש שהמכון עלול להימצא במצב של ניגוד עניינים בטיפולו בנושאי איכות והסמכה: מצד אחד, הוא מעוניין בשמירת איכות המוצרים והשירותים ובהקפדה על התקנים שהוא עצמו השתתף בהכנתם, ומן הצד האחר, ביטול אישור או היתר לסמן מוצר או שירות בתו תקן גורם לאיבוד הלקוח, ובתנאי התחרות העזה שבהם פועל המכון הוא חושש לאבד לקוחות.
לדעת משרד מבקר המדינה, אי-שלילת ההיתר לסמן מוצרים בתו תקן מלקוחות שמוצריהם אינם עומדים בדרישות התקן הרשמי, אינו עולה בקנה אחד עם הוראות חוק התקנים. בנוסף, פשרות בתחום האיכות עלולות לגרום לפגיעה בשמו הטוב של המכון ובאמון הציבור בו.
