בפרק העוסק במשרד הפנים מייחד המבקר מקום לעמותות ולפיקוח עליהן. לפי הדו"ח, בשנת 2000 העבירו משרדי הממשלה הקצבות לכ-3,250 עמותות בהיקף כספי כולל של כ 2.3 מיליארד שקל.
מבקר המדינה קובע כי כדי לשפר את הפיקוח והבקרה של רשם העמותות, של משרדי הממשלה ושל הציבור על פעילות העמותות יש צורך לחייב את העמותות להרחיב את המידע שהן מוסרות לציבור מעבר לדו"חות הכספיים. דו"ח כספי, מציין המבקר, אינו מתייחס להשגת היעדים שהעמותה קבעה לעצמה להשיג ביעילות ובחיסכון, ועל כן ראוי לחייב את העמותות בהגשת דו"ח מנהלים מילולי שיספק לציבור מידע על מטרות העמותה ועל פעולות להשגתן.
בנוסף מציין המבקר, כי משרד הפנים לא מחייב בדין לקיים גילוי נאות בעמותות. הגילוי הנאות אמור לחשוף מידע על "צדדים קשורים" לעמותה (קשרי משפחה וקשרים עסקיים שיש לקשורים בעמותה). המבקר קובע שרשם העמותות אינו דורש גילוי נאות של אינטרסים וקרבת משפחה מחברי העמותות ואינו דרוש הצהרה מחברי ועד העמותה על קשריהם עם "צדדים קשורים" לרבות קשרי משפחה. במצב הקיים הרשם יודע על קשרים כאלה, אם בכלל, רק אם העמותה מדווחת עליהם בדו"חותיה הכספיים או על בסיס תלונות המגיעות בנושא.
מתוך נתוני השכר שהועברו לרשם העמותות בשנים האחרונות נמצאו מקרים של תשלומי שכר גבוהים במיוחד לבכירים המועסקים בעמותות. כך לדוגמא, עלות שכרם של מנכ"לים בעמותות מסוימות נע בין 413 אלף שקל ל 1.5 מיליון שקל בשנה. במארס 2001 מינה שר הפנים ועדה ציבורית להכנת אמות מידה לשכר הבכירים בעמותות, אך עד מועד סיום הביקורת, בספטמבר 2001, טרם סיימה הוועדה את דיוניה. בידי הרשם עדיין אין אמות מידה בתחום זה.
