בהתייחסו למשרד הדתות קובע דו"ח המבקר כי יש "ליקויים חמורים מאוד בכל הקשור לחידוש הרכביהן של המועצות הדתיות". לדברי המבקר, "קיים פגם בתהליך הרכבת המועצות הדתיות, שכן פעמים רבות נעשית הרכבת המועצות הדתיות בצורה שתאפשר למפלגה ששר הדתות משתייך אליה לקבל את מירב עמדות הכוח, זאת באמצעות מגעים מוקדמים בין מפלגות הקואליציה ו"מקח וממכר" בין הגופים המעורבים בהרכבת המועצה הדתית. הדו"ח קובל על כך שמבחינת רשימת המועצות הדתיות עולה שברבות מהן נבחר ראש מועצה דתית המזוהה פוליטית עם ש"ס.
בעניין ייצוג הזרמים הלא אורתודוקסים במועצות הדתיות נכתב בדו"ח כי התעוררו בעיות "ביישובים רבים שבהם הציעה הרשות המקומית מועמדים למועצה הדתית שאינם משתייכים לזרם האורתודוקסי".
שכר ראשי המועצות הדתיות: נטל כבד
שכרם של ראשי המועצות הדתיות, סגניהם ורבני העיר מטיל נטל כבד על תקציב המועצות הדתיות.
בנוסף קובע הדו"ח כי "ועדת התקנים אישרה תקנים של רבני שכונות בניגוד לקריטריונים וכי שיעור שכרם של ראשי המועצות הדתיות וסגניהם נאמדה בכ-58 מיליון שקל - 12.4% מכלל תקציבי המועצה לאותה שנה.
עוד נקבע כי ב-36 מועצות דתיות היה היקף המשרה של ראש המועצה או סגניו גדול מזה שנקבע בקריטריונים. על "המספר הגדול של המשרות שאישר המשרד בחריגה מהקריטריונים" קובע הדו"ח כי הוא "מעורר תהיות".
הדו"ח עוסק במאבקי הכוח בין המפלגות בעניין בחירת הנציגים לאסיפה הבוחרת את רבני הערים וקובל על כך שבמקרים מסוימים "המאמצים למנות רב עיר המזוהה עם ש"ס נעשו גם אם היה הדבר כרוך בעיכוב הליך הבחירה".
לדעת משרד מבקר המדינה, "מן הראוי שייבחנו חלופות אפשריות לשירותי הדת שמספקים רבני העיר, בעיקר בישובים קטנים".
הקמת מבני דת: באופן לא שיוויוני
בעניין חלוקת התמיכות להקמת מבני דת אומר הדו"ח במלים קשות כי "הקמת בתי כנסת ומקוואות חשובה מאוד לחלקים גדולים באוכלוסייה. על המשרד לענייני דתות .. היה לפעול על פי החוק ביעילות ונחרצות. אולם הוא לא עשה כן. יש לראות בחומרה את הטיפול בבקשות שלא על פי נוהל תמיכות ואת קביעת הזכאים לתמיכה שלא על פי עקרון השיוויון ובאופן שאיננו תואם את החוק. חלוקת התמיכות באופן לא שיוויוני נתנה עדיפות לא עניינית למבקשים מסוימים ופגעה במבקשים אחרים".
