ב-20 במרס 1950 אישרה הכנסת
את "חוק נכסי נפקדים" שקבע את המעמד החוקי של הנכסים (קרקעות, בתים, שטחים חקלאיים וכדומה), שהותירו הפליטים הפליסטינאים (שעזבו מרצונם או שלא מרצונם במהלך המלחמה) בשטח מדינת ישראל.
החוק החליף שורה של צווים זמניים מתקופת המלחמה שאפשרו את השתלטות ישראל על השטחים הנטושים.
בחוק הוגדרו כנפקדים כל אלו שעזבו את מקום מגוריהם בשטחי מדינת ישראל בתקופה בין ה-29 בנובמבר 1947 עד ל-1 בספטמבר 1948 "אל מקום מחוץ לארץ ישראל", או "אל מקום בארץ ישראל שהיה מוחזק אותה שעה בידי כוחות שביקשו למנוע את הקמתה של מדינת ישראל או שנלחמו בה לאחר הקמתה", לשון החוק.
חוק נכסי נפקדים לא היווה תקדים בעולם: קדמו לו חוקים דומים שסייעו להלאים רכוש שנעזב בעקבות חילופי אוכלוסין. כך אירע בזמן הסכסוך בין טורקיה
ליוון
ב-1922, ובתקופה שלאחר הכרזת העצמאות בהודו
ובפקיסטן ב-1947.
החוק הישראלי אימץ למעשה בחלקו את החוק הפקיסטני שהלאים את נכסי ההינדים בפקיסטן שעקרו להודו לאחר הכרזת העצמאות.
בעקבות אישור החוק הועברו נכסי הנפקדים בישראל לניהולה של מועצת האפוטרופסות במשרד המשפטים. כמו כן נמסרו לניהול האפוטרופוס נכסי ההקדש המוסלמי (ווקף).
בשנים לאחר מכן הופקעו מרבית הנכסים בגין צרכי בטחון ופיתוח או מגוון סיבות אחרות והועברו לבעלות המדינה. מהלך נרחב זה התאפשר מכיוון שעל פי החוק האפוטרופוס העומד בראש המועצה רשאי לפתוח בפעולה משפטית כנגד כל אדם המתאים לדרישות החוק, וכן בכל נכס שעובר אליו במסגרת החוק, ידו של האפוטרופוס כיד בעל הנכס.
מהאפוטרופוס הועברו הנכסים ל"רשות הפיתוח" (לימים מינהל מקרקעי ישראל),
ונוצלו לצרכי פיתוח וחקלאות. הקרקעות הועברו לשני גופים בלבד - מדינת ישראל והקרן הקיימת לישראל
- שפעלו במוצהר לטובת האינטרסים של הרוב היהודי בארץ. פרט לכמה עשרות אלפי דונם בשטחי הערים לא ניתן למכור את נכסי הנפקדים לפרטים אלא למוסרם בחכירה בלבד. במהלך השנים הוקמו על אדמות הנפקדים מאות ישובים יהודיים.
נוסח חוק נכסי נפקדים הוא כללי ללא הבדלי לאום, אך הוא הוחל בפועל רק על ערבים, למרות שלכאורה ניתן להחילו גם על תושביה היהודים של המדינה. רבים מהערבים שנכסיהם נלקחו על פי הוראות החוק טענו כי מעולם לא היו נפקדים בפועל אך לא יכלו להוכיח זאת מסיבות שונות, בין השאר בשל קשיים שהערימו השלטונות בישראל. חלקם נאלצו לנוס בשל הקרבות ב-1948 לישובים סמוכים בשטחי מדינת ישראל, ורבים אחרים פונו על ידי צה"ל.
הערבים קָבלו על כך שלמרות שהם נמצאו זכאים, כתושבי המדינה, לקבלת אזרחות ישראלית הם הוכרזו כנפקדים - ולאחר מכן כ"נוכחים נפקדים".
בתודעת החברה הערבית
בישראל נתפשו פעולות אלו כ"מפעל נישול" שתוכנן היטב על ידי שלטונות המדינה. רבים נאלצו לחכור בכסף את האדמות שלפני כן היו בבעלותם והדבר עורר בקרבם מרירות רבה והגביר את עוינות המגזר הערבי כלפי המדינה. החוק אומנם קבע פיצוי לערבים שאיבדו את אדמתם אך הוא היה סמלי בלבד.

הפגנת תושבי הכפר דייר חנא ביום האדמה, 1983 (צילום: נתי הרניק, לע"מ)
במשך השנים ניסו הערבים לשנות את חוק נכסי נפקדים ומספר חוקים ותקנות שנלוו לו אך ללא הצלחה יתרה. בשנת 1995 הוקם "הוועד להגנת זכויות העקורים בישראל" הפועל לייצוג תביעותיהם של ה"נוכחים נפקדים", ודואג לעלות את הסוגיה לסדר היום הציבורי.