פרוטוזואה, תת-ממלכה של אורגניזמים אווקריוטים זעירים, חד-תאיים, בממלכת פרוטיסטה. משתייכות לתחום המחקר של המיקרוביולוגיה. בעבר נקרא תחום זה "פרוטוזואולוגיה", אולם מונח זה אינו מקובל עוד. הפרוטוזואות נראו לראשונה בעת שהחל השימוש במיקרוסקופ, ואנטוני פן לוונהוק תיאר רבות מהן כבר במאה ה-17.
הפרוטוזואות הן בין היצורים הפשוטים ביותר בטבע; חלקם הטרוטרופים, ולכן שויכו בעבר לממלכת החי, וחלקם אוטוטרופים, ונחשבו בעבר לצמחים. כיום הם משויכים כאמור לפרוטיסטה, כקבוצת "ברירת מחדל" - כל המינים האווקריוטיים החד-תאיים שאינם אצות או פטריות מיקרוסקופיות.
רוב הפרוטוזואות חיות ביחידוּת, אך יש בהן שמאורגנות במושבות בעלות חלוקת עבודה פרימטיבית; רובן שוכנות במים מתוקים ובים, ומהוות חלק חשוב מן הפלנקטון...
