אקוויפר (מלטינית: אקווה - מים), מאגר מים תת-קרקעי (מי תהום) הנוצר כאשר מי משקעים (גשם,
שלג
וכו') אשר חלחלו אל הקרקע, נלכדים בתוך שכבות סלע תת-קרקעיות וחדירות למים, דוגמת שכבות אבן גיר
ואבן חול.
נקרא גם - אָקוה.
אופיין הנקבובי של שכבות הסלע התת-קרקעיות מאפשר למים שנספגו לנוע בחופשיות, אולם במקביל שכבות סלע בלתי חדירות למים (דוגמת צפחה
או חרסית)
הצמודות לאקוויפר מתחתיו או מכל צדדיו מונעות מהמים לנוע מתוכו. כאשר הלחץ המופעל על המים הלכודים באקוויפר גדול מספיק הם פורצים ממנו, לרוב בצורת נביעת מעיין.
האקוויפרים בארץ ישראל. להגדלה - לחצו על המפה
בארץ ישראל יש שני אקוויפרים עיקריים: אקוויפר החוף,
משתרע לאורך רצועת החוף מקיסריה ועד רצועת עזה, ואקוויפר ההר, המשתרע לרגלי ההרים מהר הנגב בדרום עד למורדות הרי הכרמל.
מקובל לחלק את אקוויפר ההר לאקוויפר ירקון תנינים, המתנקז מערבה לכיוון הים התיכון באמצעות מעיינות התנינים והירקון,
ולאקוויפרים המזרחיים (הקטנים יותר) המתנקזים במעיינות עמק בית שאן, בקעת הירדן והמעיינות שלאורך שפת ים המלח. כמו כן יש בישראל מספר אקוויפרים קטנים יותר ברמת הגולן, בגליל המערבי והמזרחי, בעמקים ובערבה.
אקוויפר החוף מורכב ברובו מאבן חול גירית, המגיעה לעובי של עד כ-150 מטרים ליד הים. השכבה הולכת ונעשית דקה עד להיעלמה בכיוון מזרח. מתחת לשכבה האוצרת מים נמצאת שכבת חרסית אטומה. הוא משתרע על פני כ-2,200 קמ"ר ונפח המים בתוכו נאמד בכ-20 מיליארד מטר מעוקב.
אקוויפר ירקון תנינים הוא הגדול מבין מאגרי אקוויפר ההר, הוא משתרע על שטח של כ-3,000 קמ"ר ונפח המים בו נאמד בכ-30 מיליארד מטרים מעוקבים.
אקוויפר ההר ואקוויפר החוף מהווים יחדיו כמחצית ממקורות המים המתוקים הזמינים בישראל, ובאופן תדיר נשאבות מהם כמויות גדולות של מים. מחסור במים ושנות בצורת הביאו לשאיבת יותר מן האקוויפרים, ובשל כך התעוררה לא פעם סכנה להמלחתם ולפגיעה באיכות המים. על מנת למנוע סכנה זו מוחדרים לאקוויפרים מעת לעת מים ממקורות אחרים. איכות המים באקוויפרים מאוימת גם על ידי חלחול של חומרים מזהמים שונים דוגמת דשני חקלאות, דלקים וכו'.