ראש הרשות הפלסטינית, יאסר ערפאת, מגנה את הפיגוע בירושלים. ערפאת אמר, כי הוא מתנגד להרג חפים מפשע, וקרא להודעה משותפת ישראלית פלסטינית על הפסקת אש בין הצדדים.
מקורות פלסטינים בשטחים מדווחים כי בכמה מקומות חלקו פעילים פלסטינים ממתקים לתושבים כדי לחגוג את הפיגוע בירושלים. גורמים בג'יהאד האסלאמי אומרים, כי גם אחרי תגובת ישראל הצפויה, הם ימשיכו להנחית על ישראל עוד פיגועים ועוד מתאבדים. "אפילו הבהמות בשטחים שמחות היום על הפיגוע, שקירר מעט את זעמם ותסכולם של הפלסטינים", אומרים המקורות.
"הוכחנו לשרון שאנחנו יכולים להגיע לעומק הבית שלו", אמר אתמול (ה') ל-ynet עבדאללה שאמי, מנהיג הג'יהאד האיסלאמי, שאנשיו ביצעו את הפיגוע הקשה בירושלים. לדבריו, הפעולה היא תגובה לפשעי ראש הממשלה אריאל שרון והרמטכ"ל שאול מופז נגד העם הפלסטיני ולקללות של הרב עובדיה יוסף נגד הערבים והמוסלמים.
ארגון הג'יהאד האיסלאמי לקח אחריות לפיגוע, בהודעה שפורסמה ברשת הטלוויזיה של חיזבאללה, "אל-מנאר". בהודעה נטען כי את הפיגוע ביצעו "כוחות סלח-אדין איובי, כמתנה לנשיא עיראק סדאם חוסיין". את הפיגוע עצמו ביצע חוסיין אבו נעסה, תושב אזור ג'נין.
"לכבוד הוא לנו להיות האחראים לפעולה שעמנו חיכה לה כל כך הרבה זמן". אומר שאמי. "העם הפלסטיני השתוקק לתגובה שתחזיר את שרון, שהיה בשכרון כוח מההרג שזרע בתקופה האחרונה והיום החזרנו אותו למציאות והוכחנו לו שאנו יכולים להגיע לתוך העומק של הבית שלו ולפגוע בכל מטרה ישראלית, על אפם וחמתם של המטוסים והטנקים וכל סידורי הביטחון של הגנרלים הישראליים".
באשר לאפשרות של תגובה ישראלית אומר שאמי כי "שהישראלים יבכו, ואם הם יגיבו, נוריד עליהם עשרות תגובות קשות".
ברשות הפלסטינית קשה היה למצוא היום מי שיגנה את הפיגוע בירושלים. ההערכה היא כי מאוחר יותר תפרסם הרשות הודעה כללית שבה היא תגנה פגיעה באזרחים חפים מפשע, בין אם הם ישראלים או פלסטינים.
מזכ"ל תנועת הפת"ח בגדה וראש התנזים, מרואן ברגותי, אמר כי "הפיגוע בירושלים הוא תגובה טבעית לפשעי הכיבוש היומיומיים נגד הפלסטינים". לדבריו, "העם הפלסטיני הוכיח פעם נוספת כי הוא יודע להגן על כבודו, על אדמתו ועל מקומותיו הקדושים".
ברגותי אומר, כי "הפעולה ההירואית בירושלים היא תגובה טבעית והמשך של המאבק הפלסטיני נגד הכיבוש. רק אם הישראלים יסוגו מהשטחים הפלסטינים, והפלסטינים יקבלו את עצמאותם וחירותם, תהיה רגיעה. אם לא, העם הפלסטיני נחוש להמשיך במאבק, בהשתתפות כל הפלגים, הגופים והזרועות".
שר פלסטיני ברשות הפלסטינית אומר ל-ynet כי "הפעולה היא תגובה צפויה והשאלה היא אם תתפתה ישראל לפעולת תגמול או שמא ישתלט ההיגיון על ראשיה, והם יבינו שהמו"מ היא הדרך היחידה. על ישראל לדעת שאלימות גוררת אלימות ופעולה ישראלית תגרור תגובה דומה לתגובה שראינו היום".
בכיר החמאס, ד"ר מחמוד א-זהאר, אומר כי "הפעולה בירושלים היא מבחינת הפלסטינים "פריקת זעם ממושך שהצטבר בשבועות האחרונים בעקבות פשעי הישראלים". לדבריו, צפויה תגובה ישראלית, אך הפלסטינים ימשיכו להגיב על כל פעולה של ישראל.