הרמטכ''ל שאול מופז אמר כי אפשר שמאחורי מכתב קציני המילואים שקוראים לסרב לשרת בשטחים מסתתר קמפיין פוליטי על רקע אידאולוגי: ''אם כך הדבר, אין מדובר רק בסרבנות אלא בהמרדה חמורה, שקברניטי המדינה צריכים לתת עליה את הדעת'', אמר הרמטכ"ל בראיון לגל"ץ.
לדברי מופז, ''מכתב הקצינים'' הוא תופעה חמורה, שאין לה מקום בצבא במדינה דמוקרטית, הנתונה במציאות של מלחמה. "יש במכתב כדי לפגוע בחומת המגן של מדינת ישראל. זו לא הדרך הנכונה. בתקופה כזו, העם צריך להפגין איתנות ולא סרבנות" - אמר הרמטכ"ל והוסיף כי מאות מפקדים וחיילים במילואים כתבו אליו והביעו תדהמה, תרעומת וכעס על מכתב הקצינים.
הרמטכ''ל מסר כי קיבל את ההמלצות של צוות קצינים מיוחד, באשר לאופן הטיפול בקצינים שחתמו על המכתב, והוחלט לטפל בהם בדרך מאוזנת, כלשונו, על ידי מפקדיהם הישירים. מופז אמר כי החל תהליך זימונם של חותמי המכתב לבירורים על ידי מפקדיהם הישירים, וכי אם יתברר כי יש מקום להשעותם, הם יושעו. לאחר מכן יתקיים בירור נוסף, ברמת מפקדי האוגדות ואלופי הפיקודים, ואם תהיה החלטה להדיחם, הם יודחו: ''אני לא הולך לוותר על שירותם בצה''ל. גם אם יוחלט להדיחם, הם יוזמנו לבצע תפקידים אחרים'', אמר הרמטכ''ל.
יו"ר מרצ, ח"כ יוסי שריד, אמר בתגובה לדברים: "חבל שהרמטכ"ל אומר דברים שאין להם שחר, מבלי שבדק אותם כדי להפחית מהאחריות שרובצת עליו. הרמטכ"ל יודע היטב שאנו מתנגדים לסרבנות שירות בשטחים, למרות שאנחנו מבינים ללבם של הסרבנים. במקום להודות לנו על עמדתנו הוא מעדיף להחשיד אותנו, ובהחשדה זאת הוא עצמו נסחף, ולא בפעם הראשונה, לתחום הפוליטי".
ח"כ מוסי רז, המשרת בעצמו כקצין מילואים בשטחים, תובע מהרמטכ"ל "לחשוף הוכחות לטענתו על מעורבות אפשרית של גורמים פוליטיים מאחורי המכתב: אם אין לו הוכחות צריך הרמטכ"ל לחזור בו מדבריו ולהפסיק לעסוק בעצמו בפוליטיקה".
יו"ר סיעת מרצ זהבה גלאון מבקרת בחריפות רבה את "ניסיונו של הרמטכ"ל לגלגל לפתחה של המערכת הפוליטית את היוזמה של הקצינים לסרב לשרת בשטחים. שוב נכשל הרמטכ"ל", היא אומרת, "בהתבטאות פוליטית אומללה ומוטב לו שיעשה בדק בית בצבא מה היו הסיבות שהביאו את הקצינים לנקוט בצעד כזה, במקום להסיט את הדיון לכיוונם של הפוליטיקאים".
דובר קבוצת הקצינים ואחד החותמים על המכתב, עמית משיח, אומר בתגובה על דברי הרמטכ"ל: "מכתב הקצינים הוא יוזמה פרטית הנובעת מבעיה מוסרית ואישית לבצע את המשימות של צה"ל בשטחים. למרות פניות רבות סירבנו בתוקף להיפגש עם גורמים פוליטיים או להתקשר עמם". לדבריו, דברי הרמטכ"ל הם חלק נוסף ממסע ההכפשה וההשתקה שצה"ל מנהל נגד קציני המילואים.