הרשות הפלסטינית גינתה את פיגוע התופת באוטובוס בצומת כרכור - עין שמר. עם זאת, שר התקשורת הפלסטיני הדגיש כי "הפיגועים ייפסקו כשייפסק הכיבוש".
בהודעה רשמית של הרשות נאמר כי "הרשות מגנה באופן עקרוני פגיעה באזרחים, בין אם ישראלים או פלסטינים. הרשות קוראת לחידוש מיידי שלך תהליך השלום, שהוא הדרך היחידה ליציאה ממעגל הדמים". על פי הרשות, "הביטחון לא יבוא באמצעות הסגר והגברת ההתנחלויות והחיסולים כי אם דרך השלום שיביא להקמת מדינת פלסטין לצד ישראל".
בכיר פלסטיני אמר הערב ל-ynet כי הפיגוע בצומת כרכור הוא "פעולה מגונה ולא אחראית", שנועדה להכשיל את ביקורו של השליח האמריקני ויליאם ברנס באזור, לטרפד נסיגה אפשרית מחברון ולהביך את הרשות הפלסטינית.
לדבריו, "הישראלים עכשיו יגידו שבגלל הפיגוע לא תהיה יציאה מחברון. למרות שלא היתה להם שום כוונה לסגת, עכשיו הם יפילו את האשמה על הפלסטינים".
לעומת זאת, שר התקשורת הפלסטיני, עימאד אל פאלוג'י, אמר ל-ynet כי הפיגוע הוא תגובה טבעית למדיניות ישראל. לדבריו, הפיגועים ייפסקו כשייפסק הכיבוש, כשתחל הנסיגה וכשיחודש המשא ומתן עם יאסר ערפאת. "ישראל צריכה לעזור לרשות לשקם את מנגנוני הביטחון שלה, כדי שהם יתרמו לביטחון וליציבות באזור".
גם חבר המועצה המחוקקת הפלסטינית, חוסאם חדר, מראשי התנזים של הפתח בגדה, אמר ל-ynet כי מצד הפלסטינים, ממשיכות להתקיים כל הסיבות להמשך הפיגועים. "בשעה שנהרגים חפים מפשע ברפיח ובחאן יונס ובשעה שישראל פועלת בהתמדה להרס הרשות והתשתיות של העם הפלסטיני ובשעה שנמשך ומעמיק הכיבוש, נמשכת גם נכונותם של הפלסטינים לפיגועי התאבדות נגד ישראל.במדיניותו הנוכחית, ושרון לא יביא ביטחון לישראל".
עבד אל עזיז רנטיסי, ממנהיגי החמאס ברפיח, אמר לרשת הטלוויזיה "אל ג'זירה", כי "זוהי הנחמה והברכה של הלוחמים לבני העם הפלסטיני ברפיח ובחאן יונס שנטבחו על ידי שרון ובן אליעזר". רנטיסי הוסיף כי "תנועת החמאס לא תוותר על אף סנטימטר מפלסטין, יפו חיפה וכל ערי פלסטין. אלה שממהרים לגנות את הפיגוע אל להם לשכוח את דם הילדים הפלסטינים שנהרגים. הפיגועים לא פוגעים בשום יוזמה מדינית, כי שום יוזמה כזו לא מביאה תועלת לפלסטינים".