פרופ' דב גולדברגר, יועץ בכיר לשרת החינוך, לימור לבנת, לנושא של פרסי ישראל, קיבל שלא כדין תשלומים בסך עשרות אלפי שקלים ממשרד החינוך. התשלומים אושרו על ידי המנהלת הכללית של המשרד, רונית תירוש, בחתימת ידה.
למרות חומרת החשדות לכאורה נגד פרופ' גולדברגר לא העביר משרד החינוך את העניין לטיפולה של המשטרה, כפי שהדבר נעשה בפרשת רן ארז, יו"ר ארגון המורים העל יסודיים, וכמו כן לא מצא המשרד לנכון להפסיק את עבודתו בתפקיד כה רגיש בפרס ישראל.
בסוף אוגוסט 2002 התפטר פרופ' דב גולדברגר מתפקידו כמנכ"ל החברה למתנ"סים ובמקביל המשיך לעבוד כיועץ שרת החינוך לימור לבנת, לפרסי ישראל. אולם מבדיקת העיתון עולה כי פרופ' גולדברגר התפטר למראית כין בלבד, אך בפועל המשיך לכהן כמנכ"ל החברה למתנ"סים, שהיא חברה-בת של משרד החינוך, וכל תקציבה משולם מתקציב המשרד. הוא נותר בתפקידו כמנכ"ל עד סוף חודש דצמבר 2002. כתוצאה מכך קיבל פרופ' גולדברגר משכורת כפולה בסך של כ-30 אלף שקל.
כשהדבר התגלה באקראי לחשב של משרד החינוך, מיהר פרופ' גולדברגר להחזיר את הכספים ולסגור את הפרשה המביכה הזאת. אולם אף אחד לא הגיש תלונה במשטרה או אמר לו ללכת הביתה. יש מי שמגן עליו במשרד החינוך.
יצוין כי פרופ' גולדברגר כיהן כיועץ לנושא של פרסי ישראל כעשר שנים ויותר בהתנדבות. מדובר בתפקיד הנחשב ליוקרתי במשרד החינוך. רק לאחר פרישתו המדומה מהחברה למתנ"סים הוא החל לקבל שכר עבור תפקידו כיועץ בתחום של פרסי ישראל.
גורם בכיר במשרד החינוך אמר ל"ידיעות אחרונות" כי קיימים במשרד החינוך עובדים ראויים ומוכשרים לא פחות מפרופ' גולדברגר, שיכולים לשמש יועצים של המשרד לעניין פרס ישראל ללא שכר. לדברי הגורם הזה, פרופ' גולדברגר מקורב לשרה ולמנכ"לית המשרד וזו האחרונה הורתה להמשיך את העסקתו בתפקיד יועץ לפרסי ישראל - תפקיד הדורש יושר, אמינות וניקיון כפיים.
גורם בכיר בחשבות המשרד: "זו שערורייה. מדובר בהוצאת כספים במרמה ובדיווחים כוזבים, לכאורה, תוך הטעייה מכוונת של המערכת. אין כל הבדל בין מקרה זה לבין המקרה של מר רן ארז, יו"ר ארגון המורים העל-יסודיים. את החומר בעניין צריך להעביר לחקירת משטרת ישראל ולא לטייח את הפרשה. פרופ' גולדברגר ממשיך לעבוד מיום 1 בינואר 2003 בתפקידו כיועץ בלי שננקטו נגדו כל צעדים".
משרד החינוך הודה בעובדות שבתחקיר העיתון אולם לדבריו: "פרופ' גולדברגר פעל בנושא בתום לב, וברגע שהובהר לו כי אין אפשרות שיקבל שכר בעבור שני התפקידים במקביל, הוא החזיר לאוצר המדינה את שכרו כיועץ. אין כל מקום להשוואה בין עניינו של פרופ' גולדברגר לבין עניינו של מר רן ארז, מאחר שפרופ' גולדברגר קיבל שכר בעבור עבודה שביצע, בעוד שמר ארז, על פי החשד, קיבל לכאורה שכר בעבור עבודה שלא ביצע. מעבר לכך, פרופ' גולדברגר פעל בעניין בתום לב, בעוד שמר ארז פעל בעניינו, לפי החשד, שלא בתום לב, ולכאורה מתוך מגמה לקבל מהמדינה כספים שהוא לא זכאי לקבלם.