פרופ' שופר הוא מומחה בנוירולוגיה של הילד וברפואת ילדים. עיקר התמחותו הנוירולוגית נעשתה בביה"ח ג'והנס הופקינס בבולטימור, ארה"ב.
פרופ' שופר הוא פרופסור חבר קליני באוניברסיטת תל – אביב. הוא עובד במרכז הרפואי רבין קמפוס "בילינסון", ובהמשך במרכז "שניידר" עם הקמתו, מאז 1975.