מעונות הסטודנטים באוניברסיטת בר אילן מיועדים לסטודנטים דתיים בלבד. סטודנטים חילונים הלומדים באוניברסיטה ומבקשים ונזקקים לפתרונות דיור, מופנים למעונות מרוחקים המופעלים על ידי אגודת הסטודנטים, ונאלצים לשלם סכומים גבוהים משמעותית מחבריהם שומרי המצוות. על פי בדיקה שערך עיתון "תל אביב", פער התשלום לשכר דירה מגיע עד כ-40 אחוז.
סטודנט שנרשם לאוניברסיטה ומתעניין לגבי האפשרות למעונות נשאל אם הוא שומר מצוות. לסטודנטים דתיים מוצעת אפשרות לגור במעונות שמנהלת האוניברסיטה, עם עוד שני סטודנטים בחדר, בעלות של 500 שקל לאדם. אופציית המגורים היקרה ביותר לסטודנטים דתיים היא דירה שבה מתגוררים שני סטודנטים בחדר, ועלותה 670 שקל לחודש.
סטודנטים חילונים, לעומת זאת, מופנים למעונות שבהנהלת חברת "בשן", חברת בת של אגודת הסטודנטים, שם המחיר גבוה יותר: 180 דולר לאדם, כ- 800 שקל בחודש.
הבדל נוסף בין דתיים לחילונים מתגלה במרחק. מעונות הדתיים, חמישה במספר, ממוקמים בתוך הקמפוס, ואילו שני הבניינים שבהם משוכנים החילונים נמצאים מחוצה לו. בניין המעונות החילוניים המעורב נמצא במרחק רבע שעה הליכה מהקמפוס, ובנות החילוניות הגרות במעונות לנשים בלבד נאלצות לנסוע באוטובוס כדי להגיע לקמפוס.
"אני גר בדירת ארבעה חדרים שגרים בה שמונה סטודנטים חילונים", מספר אורי, סטודנט חילוני למדעי המחשב. "ההבדל בין התשלום אם אתה דתי או חילוני גורם לי להרגיש שעושים עלינו כאן כסף. במיוחד בהתחשב בעובדה שיש מגורים בתוך הקמפוס, שהיו עולים פחות אם הייתי שומר מצוות".
מאגודת הסטודנטים נמסר כי "האגודה ראתה צורך להקים מעונות לכל דורש, והצליחה לשכור מבני מגורים בטווח הליכה מהקמפוס. התשלום למעונות, בסך 800 שקל, כולל את כל העלויות ורמת האבזור והתחזוקה. רמת מעונות האגודה עולה עשרות מונים על רמת המעונות בקמפוס. זו גם הסיבה שסטודנטים רבים המנהלים אורח חיים דתי בוחרים להתגורר במעונות האגודה".
תגובת אוניברסיטת בר אילן: "בשטח הקמפוס קיימים פתרונות דיור מצומצמים. מרבית המעונות מיועדים לסטודנטיות דתיות, והיתר לאלה שבר אילן מהווה עבורם את המסגרת היחידה האפשרית בישראל, המשלבת את ערכי היהדות בצד השכלה אקדמית. עבור סטודנטים אלה, המעונות והמסגרת הדתית השוררת בהם הם תנאי ליציאה ללימודים. מכן מובן כי סטודנטים שאינם מקפידים על אורח חיים דתי, אין באפשרותם להשתלב במעונות בקמפוס".