התוכנית לקידום הקמתם של 15 ישובים חדשים באזור הנגב בשנים הקרובות, כפי שמתגבשת על ידי ועדה בינמשרדית בחסות משרד ראש הממשלה, זכתה עם פרסומה לאחרונה, לתגובה צוננת ביותר מצד ראשי הרשות לפיתוח הנגב. אלה טוענים כי מדובר בהצהרות בלבד, שאין להן כל כיסוי תקציבי.
במשרד ראש הממשלה פועלת ועדה בינמשרדית לישובים חדשים, שעורכת מדי מספר חודשים ישיבת מעקב אחר תהליך הקמתם. ממסמכים שהגיעו למקומון "כל הנגב" עולה, כי מסיכומי דיוני המעקב של הוועדה, בראשותו של יועץ ראש הממשלה לענייני התיישבות, עוזי קרן, מתברר שלמרות שהממשלה החליטה עוד בחודש אפריל 1999 עד הקמת הישוב "נווה תמרים" סמוך לקיבוץ רביבים – עדיין לא הוחל בתכנון מפורט וטרם הוקמה ועדת היגוי להקמת הישוב, וממלא לא הוקמו עד היום תשתיות לישוב.
גם על הקמת הישוב "באר מילכה" סמוך לגבול מצרים החליטה הממשלה בחודש נובמבר 1998, אך 12 משפחות הגרעין המייסד שוהות בדיור זמני במושב כמהין הסמוך. בכלל, לחלק מהישובים המתוכננים להיבנות במהלך חמש השנים הקרובות אין עדיין תשתיות וגם לא ברור אם אכן יישמר לוח הזמנים להקמתם בגלל אילוצי תקציב.
על פי התוכנית המתגבשת אמורים להיבנות בנגב הישובים יתיר, חירן, כרמית ועירא בחבל יתיר; חלוצית, חלוצית 2, וחלוצית 3, באר מילכה וניצנית לאורך הגבול עם מצרים בגזרת כרם שלום-ניצנה; נווה תמרים ליד קיבוץ רביבים ומרחב עם (חלוקים) בין שדה בוקר לירוחם. בנוסף לכך, אמור לקום הישוב גבעות בר בסמוך לקיבוץ משמר הנגב. כאמור, לחלק מאותם ישובים אין אפילו תשתיות, למרות שאישורים לבנייתם כבר ניתנו במילניום הקודם.
במשרד ראש הממשלה גורסים, כי תוכנית הקמת הישובים, אשר ראש הממשלה עצמו נרתם לסייע בקידומה, אמורה לסייע בפריסת האוכלוסייה, בשמירה על קרקעות המדינה ובהגנה על גבולות המדינה. יועץ ראש הממשלה להתיישבות, עוזי קרן, אמר כי בניית התשתיות בישובים המתוכננים תתחיל בשבועות הקרובים ובניית הישובים החדשים תארך כשש שנים.
יו"ר מנהל הרשות לפיתוח הנגב וראש המועצה האזורית רמת נגב, שמואל ריפמן, אמר בתגובה על פרסום התוכנית, כי "כמי שמלווה את נושא הקמת הישובים החדשים חודשים ארוכים, אני מודע גם לפער הגדול בין התוכניות לבין הביצוע. ללא השקעה ממשלתית בתשתיות להקמת הישובים עליהם החליטה הממשלה, אין סיכוי להקמת הישובים".
גורמים המעורבים בהתיישבות החדשה בנגב ציינו, כי עד כה לא תוקצבה הקמת הישובים החדשים בנגב, והקיצוץ התקציבי שהונחת על משרדי הממשלה ועל הגופים הממשלתיים האחרים העוסקים בהתיישבות רק יביא לעיכוב ביישום התוכנית. גורם נוסף שיכול לעכב את ביצוע התוכנית הם הארגונים הירוקים, הנחרצים בדעתם להתנגד להקמת ישובים חדשים בטענה, כי מדובר בהתפשטות בנייה לשטחים פתוחים הפוגעת בטבע ובנוף.