הפנימייה החדשה שתוכננה במקור ל-140 תלמידים תשמש החל משנת הלימודים תשס"ה בית ל-80 תלמידים, כשבכל חדר יתגוררו שלושה.
לדברי מנכ"ל "מבואות ים", יצחק גלבר, עוד ייבנו: מועדונים, חדר לכביסה עצמית, חדרי מחשב, חצר פנימית פתוחה לכיוון מזרח וגג זכוכית שיאפשר פעילות בחצר בכל עונות השנה.
גלבר מדגיש, כי בימים קשים אלה של צמצומים וקיצוצים, בניית הפנימייה החדשה היא בשורה של ממש, שמשמעותה שיפור תנאי החיים ב"מבואות ים".