החוק פוצל בתמיכת 50 חברי כנסת מול 42 מתנגדים. בין התומכים בפיצול חברי הקואליציה מלי פולישוק-בלוך ואתי לבני (שינוי), יחיאל חזן (ליכוד) וצבי הנדל (מפד"ל).
יו"ר ועדת הכלכלה, ח"כ שלום שמחון (עבודה) שדרשה את פיצול החוק, הסביר במליאה כי אישור חוק המים יהפוך את שר האוצר לאחראי בלעדי על משק המים בישראל, דבר שיפגע בעצמאות נציב המים.
בנוסף, אושרו במליאה 3 פיצולים נוספים מחוק ההסדרים: פיצול פקודת המכרות, פיצול חוק רשויות הנגב והגליל ופיצול חוק בנק הדואר. פיצולים אלו עברו בתמיכת הממשלה.