תהליך קביעת המסגרת לתקציב הביטחון מתקיים ללא התיאום הנדרש בין משרדי האוצר והביטחון. כך עולה מדו"ח מבקר המדינה. זהו הדו"ח האחרון שמפרסם מבקר המדינה הקודם, אליעזר גולדברג, שהוחלף באחרונה על ידי השופט מיכה לינדנשטראוס.
עוד מדו"ח המבקר:
תקציב הביטחון מהווה חלק מהותי מתקציב המדינה, והוא עמד בשנים האחרונות על 18%-17% מהתקציב.
המבקר בדק את תהליך קביעת המסגרת לתקציב הביטחון, תוך התמקדות בתקציב לשנים 2005-2003. המבקר מצא כי באגף התקציבים במשרד האוצר לא קיימת עבודת מטה מקיפה, הנדרשת כדי לקבוע את גודל הקיצוץ הדרוש בתקציב הביטחון, וכי אינו מנהל בסיס נתונים שיכול לשמשו לביצוע הניתוחים הכלכליים הדרושים.
בכל הקשור לדיונים המתקיימים אצל ראש הממשלה, בהשתתפות שרי האוצר והביטחון והרמטכ"ל, לקראת אישור תקציב הביטחון, אומר המבקר: "קיימים למעשה שני מסלולים מקבילים לקביעת מסגרת לתקציב - הראשון מתייחס לסכום שיוצג לכנסת כתקציב הביטחון, והשני - "האמיתי" - הוא הסכום שייקבע בסופו של דבר כתקציב הביטחון.
"התנהלות זו היא בעייתית. ראשית, כיוון שהיא פוגעת במהות ובאפקטיביות של הפיקוח הפרלמנטרי. ושנית, ביצוע שינויים ידועים מראש בתחילת שנת התקציב, פוגע בתהליך התכנון של פעילות מערכת הביטחון, ויתרה מכך - של שאר משרדי הממשלה, שתקציבהם מופחתים בדיעבד לצורך מימון תוספת לתקציב הביטחון", קובע המבקר.
עוד נאמר כי הדיונים בראשות ראש הממשלה בנושא תקציב הביטחון שהתקיימו בשנים 2003-2005, התבססו בעיקר על הנתונים והניתוחים שהוצגו על ידי מערכת הביטחון. למשרד האוצר לא הייתה יכולת לבדוק נתונים אלה, ונוצר מצב של התבססות יתר על הנתונים והניתוחים שמערכת הביטחון הציגה.
ליקויים נוספים עליהם מצביע המבקר:
תגובת משהב"ט: נוהלי תקציב 2006 שונו
בתגובה נמסר ממשרד הביטחון: "משרד הביטחון וצה"ל חותרים מזה שנים רבות לגיבוש מסגרת תקציב רב שנתית. לשמחתנו, תקציב הביטחון לשנת 2006 הינו לראשונה התקציב הפותח תכנית תלת-שנתית (2006-2008) הבנויה על תקציב זהה.
"מהלך זה התאפשר על בסיס סיכום ראש הממשלה בדיון שנערך בראשותו ב- 8 באוגוסט 2005. בעקבות מהלך זה ולאור ממצאי הביקורת מוצע להקים צוות משותף למשרד הביטחון ולמשרד האוצר במסגרתו ידונו הנושאים העקרוניים הכלולים בדו"ח הביקורת מתוך מגמה לפעול על פי המלצות המבקר לקראת הכנת התקציב לשנת 2007".