בחודש שעבר קיבל פוג'ימורי בחזרה את דרכונו הפרואני, וכבר אז טענו מומחים כי מטרת צעד זה היא לסלול את דרכו לבחירות, שיתקיימו באפריל הקרוב.
פוג'ימורי נמלט ליפן בנובמבר 2000, לאחר שממשלתו נפלה בשל שערוריית שחיתות, מהגדולות שידעה המדינה. מאז אימץ הפרלמנט חוק האוסר עליו לשאת במשרה ציבורית עד לשנת 2010, אך פוג'ימורי הבהיר כי בכוונתו לנסות את מזלו בבחירות למרות האיסור.
התובע הכללי בפרו אף פנה לממשלת יפן בבקשה להסגיר את פוג'ימורי ולהשיבו לפרו. זאת, על-מנת שיוכל לעמוד למשפט על 22 סעיפי אישום פליליים, החל מניצול לרעה של מעמדו וכלה במתן הוראה לעונשי מוות צבאיים. יפן סירבה להסגירו לידי פרו בטענה כי פוג'ימורי, בן למהגרים יפנים, מחזיק באזרחות יפנית ולכן אין להסגירו למדינה זרה.
פוג'ימורי תפס את השלטון בפרו באפריל 1992, לאחר שעלה עם כוחות ארטילריה כבדים על בית הקונגרס. הוא טען אז כי הצעד הצבאי היה הכרחי על-מנת להכניע את המורדים מקרב תנועות השמאל ולהשתלט על התוהו-ובהו הכלכלי במדינה.
תחת לחץ בינלאומי כבד, פוג'ימורי מינה חברים לקונגרס זמני ובנובמבר 1992 ערך בחירות כלליות. שלוש שנים לאחר מכן הוא נבחר לכהונה נוספת. כיום, החוק בפרו אוסר על כהונה נוספת של נשיא, כך שנשיא המכהן, אלחנדרו טולדו, לא יכול להתמודד מול פוג'ימורי.