יום לאחר העצרת בכיכר התראיין אקסלרוד לתוכנית רדיו ואמר בנוגע לרצח ראש הממשלה: "כמו שאמר חבר שלו ערפאת - כול כלב ביג'ו יומו" (כל כלב בא יומו). לשאלת הכתב, האם לא הצטער על כך שיהודי נרצח, השיב אקסלרוד: "זה לא יהודי נרצח. זה בוגד שחוסל. חיסול אויב זה דבר חיובי".
אקסלרוד הועמד לדין על עבירה לפי "הפקודה למניעת טרור" אך בית משפט השלום זיכה אותו. המדינה ערערה על פסק הדין לבית המשפט המחוזי ושם הוא הורשע. בקשתו להגיש ערעור לבית משפט העליון נדחתה והוא שילם את הקנס.
כחצי שנה לאחר מכן, קבע בית המשפט העליון בפרשת ג'בארין כי הסעיף ב"פקודה למניעת הטרור" לפיו הורשע אקסלרוד מוגבל לפרסום דברי שבח ועידוד למעשי אלימות של ארגון טרור בלבד. על פי הפסיקה, מי שאינו מעודד מעשה אלימות הנעשים על יד ארגון טרור – לא ניתן להרשיעו.
אקסלרוד טען כי לאור הפרשנות החדשה יש לאפשר לו משפט חוזר וביוני 2001 הגיש בקשה בעניין, אולם זו נדחתה על ידי היועץ המשפטי לממשלה. לאחר מכן פנה אקסלרוד לנשיא המדינה בבקשת חנינה מההרשעה, אך גם פה נדחה. כשפנה שנית לבית המשפט העליון, החליט ברק לבחון את בקשתו וקבע כי אכן יש לדון בעניינו מחדש.
למעשה, החלטתו של ברק עשויה להשפיע על גורלם של מורשעים רבים, שהפרשנות לסעיף בו הורשעו השתנתה לאחר הרשעתם ולאפשר להם משפט חוזר.
ברק כותב: "השארת הרשעתו של אקסלרוד על מכונה מעוררת תחושה קשה של מקריות. אילו בקשתו לערעור היתה נשמעת מספר חודשים מאוחר יותר, היא היתה נענית ובית המשפט היה מזכה אותו... המקריות מולידה חוסר שוויון ותחושת הפליה. אלו מבססים חשש לעיוות דין".
בהמשך כותב נשיא בית המשפט העליון כי "עם שינוי הפירוש... נשמט הבסיס החברתי-מוסרי להרשעתו. שיטת המשפט בישראל שוב אינה רואה את דבריו של אקסלרוד כגוררים אחריהם אחריות פלילית. בנסיבות אלה ישנה תחושה של עיוות דין, אם ההרשעה עומדת על כנה".
ברק קובע כי פירוש חוקתי חדש, המיטיב עם נאשם שהורשע, צריך להשפיע על פסק דין סופי שניתן על בסיס פירוש הקודם. "עם זאת", הוא מסייג, "תמיד יש לזכור כי משפט חוזר פוגע בעקרונות חשובים של סופיות הדיון". לדבריו, יש לנהוג במקרים אלה בשיקול דעת שיפוטי ובזהירות רבה.
בפסק דינו מדגיש ברק כי משפט חוזר יינתן רק כאשר בית המשפט העליון, שההלכה שלו מחייבת את כל בתי המשפט, שינה באופן ברור הלכה קודמות משלו – וכי שינוי ההלכה מעורר חשש של ממש לעיוות דיון. "אין די בחשש סתם - הבחינה צריכה להיות כוללת", הוא מבהיר. בנוסף, הדגיש נשיא בית המשפט העליון כי דבריו נכונים רק לגבי התחום הפלילי.