במערכת הביטחון החלו בחקירת הפיגוע היום (ב') בנתניה ובבדיקת נקודת המוצא ממנה הגיע המחבל. על פי ההערכה יצא המחבל, לוטפי אמין אבו-סאלם, מאחד הכפרים שבצפון השומרון, מה שמעלה מחדש לסדר היום את סוגיית גדר ההפרדה והבקרה על המעבר מהשטחים אל תוך ישראל.
מזה תקופה ארוכה עורך צה"ל בגזרת צפון השומרון פעילות מעצרים נרחבת נגד תשתיות הטרור. עדיין לא ברור כיצד הצליח המחבל להגיע לנתניה עם מטען החבלה אולם אחת האפשרויות שנבדקות היא שעשה זאת דרך אחד המעברים החקלאיים שבגדר ההפרדה. בגדר קיימים מספר מעברים שכאלה ובנוסף - מעברים בהם נעשה בידוק על פי מידע מודיעיני ובצורה אקראית.
במעברים מהסוג השני לא נבדק ביסודיות כל רכב, בעיקר אלו בהם יושבים אזריחם ישראלים (כך הוברחו בעבר מספר מחבלים). אפשרות נוספת היא שהמחבל חדר לשטח ישראל דרך הפרצות בגדר באזור ירושלים. בגזרה זו כבר סוכלו בעבר מספר נסיונות חדירה של מחבלים.
בחודשים האחרונים סיכלו צה"ל והשב"כ מספר רב של נסיונות פיגוע, כאשר עצרו מבוקשים בטרם הצליחו להיכנס לתחומי הקו הירוק. עם זאת, לאחר הפיגוע היום בנתניה מודים בצה"ל כי לא ניתן לבצע אטימה הרמטית של השטחים ולהגיע למצב של אפס פיגועים.
"פעילות המעצרים נמשכת ואנו פועלים כבר זמן רב נגד תשתיות של מחבלים, בעיקר בצפון השומרון ובעיקר של הג'יהאד האיסלאמי", אמרו היום גורמים בצה"ל. "עצרנו ופגענו גם במספר מבוקשים בכירים אולם לא תמיד ניתן להגיע לכולם ולעצור כל פיגוע שקורם עור וגידים". בשבועות האחרונים אמנם הועלתה רמת הבידוק לאורך השערים בגדר ההפרדה, אבל בצה"ל מבהירים כי לא ניתן לפרק כל רכב לחלקים קטנים ולחפש בתוכו חגורות נפץ.
בעקבות הפיגוע בנתניה יקיים צה"ל הערכות מצב - הן בפיקוד מרכז והן במטה הכללי. פעילות המעצרים האינטנסיבית בצפון השומרון תימשך ואף עשויה להתרחב לפגיעה באנשי הג'יהאד האיסלאמי ברצועת עזה. מאוחר יותר היום יערוך גם שר הביטחון, שאול מופז, הערכת מצב ובה ייבחנו אפשרויות פעולה נוספות, ביניהן ביצוע מהלך צבאי רחב יותר בצפון השומרון.