עורך דינו של המיליונר, יורי שמידט, סיפר שאחד האסירים בבית הכלא דקר את חודורקובסקי בפניו באמצעות סכין מאולתרת בלילה שבין חמישי לשישי. עם זאת, בבית הסוהר עצמו המעיטו בחשיבות האירוע וטענו ש"חודורקובסקי התווכח עם אסיר אחר ובמהלך הקטטה נשרט באפו". חודורקובסקי נזקק לתפרים בפניו והוא עדיין מאושפז בבית החולים.
22 חודשים נמשך משפטו של חודורקובסקי, עד שהורשע אשתקד בשורת עבירות. הוא ערער על הרשעתו, אך בית המשפט דחה את ערעורו. תומכיו טענו שמשפטו היה חלק מניסיונו של נשיא רוסיה, ולדימיר פוטין, שמנסה להעניש אותו על מימון מפלגות אופוזיציה. עוד אמרו ש"פוטין רדף את חברת הנפט יוקוס ואת חודורקובסקי רק בשל היותם גורם דמוקרטי המאיים על שלטונו".