עובדי חוות הדגים באילת, השנויות במחלוקת, התלוננו באוקטובר 2004 כי המשרד לאיכות הסביבה פרסם במהלך 2004 ברדיו כמה תשדירים נגד הפעלת חוות הדגים ובהם נאמר כי לדעת מומחים כלובי הדגים הם הגורם העיקרי לזיהום מפרץ אילת.
באחד התשדירים נאמר: "הזרמת ביוב לחופי תל אביב הקפיצה אתכם? אז מה תגידו על כלובי הדגים המזרימים מאות טונות של מזהמים למפרץ אילת? המשרד לאיכות הסביבה שורה ארוכה של מדענים ואפילו דוח המומחים הבין-לאומי כולם קובעים, כי כלובי הדגים הם הגורם האנושי העיקרי לזיהום מפרץ אילת. עוצרים את הזיהום, מוציאים את כלובי הדגים ממפרץ אילת".
המתלוננים קבלו על ההשוואה שעשה המשרד בתשדיר בין גידול דגים להזרמת ביוב לחוף תל אביב ועל כך שבשידור התשדירים המשרד עושה שימוש בכספי ציבור כדי לעורר בציבור התנגדות להפעלת חוות הדגים באילת.
לטענתם בפרסומי המשרד נגד חוות הדגים יש משום התערבות בוטה וניסיון להשפיע בעניין לאומי התלוי ועומד בממשלה ובמועצה הארצית לתכנון ולבנייה. המתלוננים ציינו כי עמדת משרד החקלאות בעניין זה מנוגדת לזו של המשרד לאיכות הסביבה, וכי מדענים מהשורה הראשונה גורסים שחוות הדגים אינן גורמות לפגיעה בסביבה.
בתשובה לפניית נציב הקבילות, ענה המשרד לאיכות הסביבה כי שידר זאת כיוון שסבר שמחובתו להביא לידיעת הציבור את נושא זיהום מפרץ אילת הנגרם מחוות הדגים, שהוא נושא סביבתי מהחשובים והבולטים שעל סדר היום הציבורי בשנים האחרונות.
עוד השיב המשרד שההשוואה בין פסולת כלובי הדגים לבין ביוב שהוזרם לחופי תל אביב היא השוואה עניינית מכיוון שמדובר בשני מזהמים גדולים ביותר מעשה ידי אדם.
החלטת הנציב
הנציב קבע, כי לא היה מקום לשדר את התשדירים נגד חוות הדגים באילת קודם שהתקבלה החלטת ממשלה בנושא עתידן של החוות.
עוד קבע הנציב, כי הנאמר בתשדיר אינו עולה בקנה אחד עם הוראות שקבע החשב הכללי, ולפיהן פרסום של משרד ממשלתי יהיה ענייני. הנציג הוסיף, כי קיימת אי-ודאות באשר לקשר בין כלובי הדגים וזיהום המפרץ בחנקות לבין התדרדרות מצבן של שוניות האלמוגים.
נציב תלונות הציבור הציע למשרד לאיכות הסביבה להיות זהיר יותר בפרסום תשדירים. המשרד הודיע לנציבות כי נוכח קביעת נציב תלונות הציבור בנושא הנדון והפרשנות שניתנה בה להוראת התכ"ם האמורה, הוא יישם להבא הוראות אלה על פי קביעת הנציב.