"הדרישה העיקרית שלנו היא שהבנק העולמי, שמבצע עבודת מחקר הבוחנת את הפרויקט, ירחיב את הבדיקה ויתייחס לאלטרנטיבות נוספות", מתקומם גדעון ברומברג, המנהל הישראלי של ארגון "ידידי כדור הארץ", ממובילי המאבק נגד הקמת תעלת הימים. "מדוע לא ייבדק נושא ניהול משק המים שבישראל, שיאפשר הזרמה חלקית של מי הירדן, וכך נוכל לשקם גם את הנהר וגם את ים המלח?".
לדברי ח"כ דב חנין, ראש השדולה הסביבתית בכנסת המסתייג גם הוא מהפרויקט, "מדובר בתוכנית משמעותית מאוד, ואני חושש שייווצר מצב בו מתחילים מסיסמה קליטה ופופולרית - ומסביבה בונים מדיניות שלמה. אחר-כך, רק מחפשים הצדקות לאותה מדיניות. אני דואג שלא נעשות בדיקות מקצועיות ומעמיקות של התוכנית, על ההשלכות הרבות שלה, וכי אימוצה יביא בעצם לסיום החלופה של שיקום נהר הירדן", הוא מוסיף.
התנגדותם של הארגונים הסביבתיים לתוכנית נובעת מהחשש כי התעלה עלולה לחולל שינויים מסוכנים בהרכב מימי ים המלח, לרבות שינוי צבעם לאדמדם בעקבות פריחת אצות, וכן לפגוע בענף התיירות במפרץ אילת ובערבה. "צריך לטפל בכל משק המים בישראל", אומרים באגודת "אדם טבע ודין". "כל עוד לא קיימת תוכנית כללית, פרויקט בסדר גודל משמעותי כל-כך הופך להיות חסר ערך".