על-פי כתב התביעה שהגיש המשרד להגנת הסביבה, בין השנים 2000 עד 2003 לא טופלו שפכי הרפתות כנדרש, ערימות זבל בקר היו מונחות על קרקע חשופה ונשטפו במי הגשם, פסולת ומי שטיפה גלשו מחצרות הרפת לכיוון תעלות הניקוז
ועוד. השפכים זרמו לאגן ההיקוות של נחל שורק, הממוקם בחלקו המזרחי של אקוויפר החוף המספק מים שאובים ליישובי מרכז הארץ.
פסיקת בית המשפט קובעת כי "במשך תקופה ממושכת הנאשמים התעלמו מהפניות ומדוחות הביקורות, לא השקיעו בתשתיות הרפת ולא תיקנו את הדרוש למניעת או צמצום המפגעים". לדברי עו"ד תמר זהר מהלשכה המשפטית של המשרד להגנת הסביבה, "מדובר בקנס הגבוה ביותר שניתן עד היום לרפת. פסק הדין משקף את מדיניות המשרד ועמדת בתי המשפט בנוגע להעלאת רף הענישה כלפי מזהמי סביבה בכלל - ומקורות מים בפרט".
למרות פניית ynet, קיבוץ נען סירב להגיב לפסיקת בית המשפט.