מבקר המדינה השופט מיכה לינדנשטראוס הניח היום (ב') את דו"ח הביקורת השנתי שלו על שולחן הכנסת. בפרק העוסק בדו"חות הקשורים למערכת הביטחון, מובאים גם ממצאי מעקב אחרי תחנת הרדיו גלי צה"ל ותחנת הבת שלה, גלגלצ.
לפי המבקר, אין עדיין בסיס נורמטיבי למאפייני הפעילות של התחנה. צה"ל התחייב לפרסם פקודת מטכ"ל המסדירה את פעילות התחנה עד יולי 2005, אולם הדבר לא נעשה עד כה. בנוסף, אין מסמך תקציבי המשקף את כל מקורות המימון שלה.
עד סיום מעקב משרד מבקר המדינה בנובמבר 2006, לא תוקנו רוב הליקויים שהועלו בביקורת הקודמת של המבקר, בתחום ההתקשרויות של גלי צה"ל עם גופים אזרחיים. מפקד התחנה המשיך לחתום בשם משרד הביטחון על ההסכמים בדבר תשדירי השירות ותשדירי החסות, ללא הרשאה ממשרד הביטחון. הפעם האחרונה שמבקר המדינה ערך בדיקות בתחנה היתה בין יולי 2003 לפברואר 2004. גם בבדיקה הקודמת וגם בנוכחית, מפקד התחנה היה אבי בניהו.
בתגובת גלי צה"ל המובאת בגוף הדו"ח, נאמר כי פעילות התחנה מוסדרת על ידי פקודת ארגון אגף משאבי אנוש. הפקודה עברה תיקונים, והיא נמצאת בתהליכי אישור באגף תכנון. פרסום הפקודה המתוקנת צפוי ברבעון השני של 2008.
לטענת גלי צה"ל רוב הערות המבקר בעניין זה תוקנו טרם פרסום הדו"ח והנותרים נמצאים בתהליך עבודת מטה מתקדמת להשלמת הטיפול בהערות המבקר. הוראת משרד הביטחון בעניין תשדירי שירות והתקשרויות עבור גלי צה"ל, אשר פורסמה בפברואר השנה, מסדירה חלק ניכר מהנושאים העיקריים של פעילות התחנה, ובהם נושאי תקציב התחנה וכן מתכונת ההתקשרויות עם חברות אזרחיות.
לפי גל"צ, משרד הביטחון פרסם בפברואר 2007 הוראה המסדירה את נושאי התקציב ומתכונת ההתקשרויות. ועדת החסויות בתחנה, שתפקידה להסדיר את התשדירים, מתכנסת אחת לחודשיים, ומקיימת פעילות לביצוע התקשרות סדורה מול חברת הסלולר ומול ספק האינטרנט, דרך משרד הביטחון. הסדרת הנושא צפויה בינואר 2008. בנוסף, בדו"ח הכנסות מול הוצאות של מטה אגף משאבי אנוש יהיה סעיף מיוחד שמגדיר את ההערכה בנוגע לעסקאות החליפין השונות.
עוד מוסרים מהתחנה הצבאית שאי הסדרים בתקליטייה תוקנו זה מכבר והיא כעת מסודרת ומקוטלגת כנדרש. כך גם הקלטות השידור של גל"צ. לנושא ארכיון הקלטות השידור בתחנה - אושר פרויקט להעברת סרטיית גל"צ למדיה דיגיטלית, שיסתיים במהלך 2009.