בחודש האחרון נערכו שימועים לחשודים בפרשה, לאחר שהירשזון עצמו החליט לוותר על זכות השימוע. בעקבותיהם, החליטו במשרד היועץ המשפטי כי טרם הגשת כתב אישום יש צורך בהשלמות חקירה לכל רוחב התיק, וכן במספר פרטים הקשורים להירשזון עצמו. יצוין כי טיוטת כתב האישום הועברה לחשודים ולעורכי דינם לפני כארבעה חודשים, ולאור השימועים והחלטת היועץ המשפטי, צפויה הגשת כתב האישום להידחות במספר חודשים נוספים.
הירשזון נאשם, ביחד עם 11 הנאשמים הנוספים, בעבירה של גניבה בידי מנהל, קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, מרמה והפרת אמונים בתאגיד, הלבנת הון אסורה ורישום כוזב במסמכי תאגיד. כמו כן הוא נאשם גם בעבירות נוספות של קבלת דבר במרמה.
על פי טיוטת כתב האישום, שפורסמה לראשונה ב-ynet, במהלך שנת 98' קשר הירשזון - ביחד עם עובדיה כהן, מנהל אגף הכספים בהסתדרות העובדים הלאומית, ועם גדעון בן צור, מנהל החשבונות - לגנוב ולהוציא במרמה כספים רבים מההסתדרות ומעמותת ניל"י, אשר הפעילה רשת של גני ילדים ומכוני יום והייתה בבעלות ההסתדרות.
על פי החשד, הוא קיבל מעטפות מלאות בכסף מהמעורבים במעילה בהסתדרות הלאומית. שר האוצר לשעבר, שהתקשה להסביר מהיכן הגיעו לחשבונו כארבעה מיליון שקלים, הכחיש שהם הושגו במרמה וטען שקיבל אותם מבנו עופר ומאחותו העשירה של רעייתו המנוחה, המתגוררת באיטליה. הירשזון השעה את עצמו מתפקיד שר האוצר באותו החודש.