בדיקת סיסי שיליה פחות נפוצה מבדיקת מי שפיר והיא מתבצעת בשבוע 10 עד 12 של ההריון. במהלך הבדיקה, נלקחת דגימה קטנה של השלייה העוברית
לבדיקה. את התאים המתקבלים בדגימה זו ניתן לבדוק מייד, או לאחר גידולם בתרבית.
בבדיקת סיסי השלייה ניתן לבצע את כל הבדיקות המתבצעות בבדיקת מי-שפיר, פרט לבדיקות החלבון העוברי, שנמצא בנוזל מי השפיר ומשמש לזיהוי מומים מבניים בעובר, בעיקר מומים במערכת העצבים.
היתרון הגדול של בדיקה זו הוא שהתשובה מתקבלת בשלב מוקדם של ההריון. אם מתקבלת תוצאה לא טובה, ניתן לסיים את ההריון בבפעולה קלה יחסית של
גרידה. לעומת זאת, סיום הריון בשלבים מאוחרים של ההריון (שבועות 19 עד 21) הוא מסובך יותר, ארוך יותר וקשור ביותר סיכון, אי נוחות וכאבים לאישה.
הרופאים עשויים להמליץ על בדיקת סיסי שלייה, כאשר הם מזהים סיכון גבוה לבעיה גנטית, וכן אצל נשים מעל גיל 40, או כאשר מתקבלת תוצאה לא תקינה מהבדיקה לשקיפות עורפית.