לא רק שם המשפחה קושר את רבה של רחובות בטבעיות לשושלת הראי"ה קוק ולמשפחת "מרכז הרב". מדובר באחד הסמנים הימניים שבין רבני הציבור החרדי, ויש שיכנו אותו "איש ארץ ישראל השלמה". הרב שמחה קוק, חבר ותיק במועצת הרבנות הראשית, מזוהה עם הפלג הליטאי אך מקובל על כל הזרמים. ככזה הוא אף מונה לאחרונה לתפקיד רב בית הכנסת "החורבה" בירושלים - מהלך שגובה על ידי גדולי הרבנים החרדים. הרב קוק ידוע במעורבותו הבולטת במאבקים נגד מסירת חלקי ארץ ישראל, והוא נוהג לתווך בין הפוליטיקאים לרבנים בסוגיות אלה. למרות ריחוקו האידיאולוגי מהציונות הדתית ומ"מרכז הרב" רוחשים לו כבוד גם שם, ובתום ימי השבעה לראש הישיבה המנוח, הרב אברהם שפירא, היה מהסופדים לו, לצד הרבנים עובדיה יוסף, מרדכי אליהו שאר ישוב הכהן וזלמן מלמד.
סבו של הרב שמחה קוק, הרב דב, היה אחיו של רבה של ארץ ישראל ומייסד הישיבה, הרב אברהם יצחק קוק, ועמד לימינו במשך שנים ארוכות. בנו, הרב רפאל קוק, החל ללמוד אצל דודו ב"מרכז" שנה לאחר שנוסדה. "אני עצמי למדתי בישיבת חברון, אבל תמיד שמעתי על חזונו הגדול של הרב קוק שהקים את הישיבה בזמן שכמעט ולא היו ישיבות כאלה", מספר רבה של רחובות, "עשרות מגידי השיעורים שלימדו שם פנו אחר כך להקמת מוסדות תורה נוספים".
"סבא עליו השלום היה אחיו של הראי"ה, וכל אחד מהם תפס את מקומו. אחד הדברים הגדולים שעשה היה לנהל את פרוייקט 'הלכה ברורה' שייסד הרב קוק באותן שנים. בתחתית כל דף ודף בגמרא הם הוסיפו את ההלכות השייכות אליו, עם מסקנות כל הראשונים – רמב"ם, טור, שולחן ערוך. היום אין מי שלא מכיר את הגמרות האלה".
אחד המאפיינים העיקריים של תלמידי "מרכז הרב" אותו משבח הרב שמחה קוק, הוא ההקפדה האדוקה על הפרדה בין המינים: "הרב חרל"פ, יורשו של הרב קוק בראשות הישיבה, העיד כי הוא לא הסתכל בחייו בפני אישה. היום אנחנו רואים איך תלמידיו מקפידים ללכת בדרכו. יש הרבה מה ללמוד מהם בעניין הזה".
רבה של רחובות מסכם כי "המצב בכי רע", ומנצל את ההזדמנות כדי לתקוף את שר הביטחון אהוד ברק, שהחליט ערב הפיגוע להחמיר את הקריטריונים להגדרת "תורתו אומנותו". "בדיוק כשבירושלים נרצחים תלמידים באמצע הלימוד מוצא שר הביטחון צורך בגיוס בני ישיבות? זוהי אטימות מוחלטת של אדם חסר לב. איך אדם יכול לחיות בלי לב? בדיוק עכשיו, שכשהם מתבוססים בדמם בבית חולים?".
הרב מאשים את ברק בניסיון לעורר מהומה ו"לעשות רעש בעם ומלחמת אחים במקום להשתתף בצער": "מי בכלל צריך אותם עכשיו בצבא? כדי שיאכלו גלאט כשר ויבקשו שמיטה לחומרא? זה לא מעניין אף אחד! שר הביטחון רוצה להראות שהוא גיבור גדול, אבל בעזה עוד לא ראינו את זה".