לא מעט ביקורת הוטחה ברב הצבאי הראשי תא"ל אבי רונצקי שפתח בשנה שעברה את קורס הרבנים הצבאיים גם בפני מועמדים שלא הוסמכו לרבנות. ערב פתיחת המחזור השני בקורס המחודש פונים המבקרים לרמטכ"ל גבי אשכנזי, וחושפים: מדובר במהלך לא חוקי שנבדק בעבר על ידי המשטרה הצבאית החוקרת ונפסל על ידי שלטונות צה"ל.
במכתב שנשלח אמש לרמטכ"ל על ידי קרן לה"ב (לחיזוק היהדות בצה"ל) והגיע לידי ynet, מספר היו"ר, סא"ל במיל' פיני איזק, כיצד נחקר בעצמו בשנות ה-80 על ידי מצ"ח בנוגע לנוהל הוצאת מועמדים לקורס זה. כעבור מספר חודשים הסתיימה החקירה, וסוכם כי "ייצאו לקורס רבנים צבאיים מי שהם בנתוני קצונה, שהביאו תעודות הסמכה לרבנות משני רבני ערים או לחלופין תעודת כושר מהרבנות הראשית לישראל".
איזק, לשעבר מבכירי הרבנות הצבאית, פנה לרמטכ"ל בעקבות כתבה שפורסמה בעניין בשבועון החרדי "ארבע כנפות". העתקים מן המכתב נשלחו גם לרב הראשי לישראל יונה מצגר, פרקליט הצבאי הראשי תא"ל אביחי מנדלבליט, יו"ר הוועדה לביקורת המדינה ח"כ זבולון אורלב (מפד"ל) וח"כ משה גפני (יהדות התורה).
איזק משחזר את חקירת מצ"ח ההיא ומספר: "אחד מסוכני המשטרה הצבאית, 'מיסטר X' המיתולוגי, הגיע יום אחד למחנה שנלר בירושלים ופגש חייל, שהיה משגיח כשרות ביחידה, כשהוא עם דרגות קצונה. הוא שאל אותו מתי הוא נהיה קצין, והחייל סיפר לו שעכשיו הוא רב צבאי. באותו רגע הוא הבין כי יש צורך לחקור את הקלות הבלתי נסבלת של מינוי רבנים בצה"ל".
עם כניסתו לתפקיד ראש ענף ארגון ושלישות מצא את עצמו איזק תחת חקירה נוקשה, ובסופה נדרש לבצע את ההנחיות החדשות. כעת הוא מרגיש מרומה: "החוקרים עשו לי את המוות, ועכשיו צה"ל מזלזל בתוצאות". במכתבו לרמטכ"ל הוא מעיד: "מסקנות מצ"ח יושמו על ידי במשך תשע שנים בהן הייתי רע"ן אוש"ל, והייתה הקפדה גם מצד הרב הראשי לצה"ל דאז, אלוף (מיל') הרב גד נבון זצ"ל". בהמשך הוא תוהה: "אם מסקנות חקירת מצ"ח מתיישנות לאחר מספר שנים או 'נשכחות', או שאינן ידועות לבעלי התפקיד האכ"אי דהיום – הרי שמיותר לחקור דברים שממילא אינם מיושמים לאחר מספר שנים".
גם מגמת הרבצ"ר רונצקי להסמיך רבנים הלוחמים ביחידות קרביות לא מוצאת חן בעיני איזק. לדבריו, "אנשי דת ורפואה נושאים עימם תעודה של הצלב האדום. תעודה זו מהווה עבורם חסינות במקרה של נפילה בשבי. עקב זאת, מנועים אנשי דת ורפואה מלהיות לוחמים, וכל עיסוקם הוא במסגרת תפקידם". יו"ר להב מודה כי תמיד היו רבנים צבאיים ש"צנחו והשתוללו עם הלוחמים", אך הוא סבור שהדבר פסול. הוא מספר כי "במלחמת יום כיפור נפלו לוחמים ורבנים צבאיים יחד בשבי. באלה התעללו ולאלה התייחסו אחרת", וטוען: "הפיכת הלוחמים לרבנים ולהפך תגרום לכך שלחסינות לא יהיה עוד תוקף".
מצה"ל נמסר בתגובה: "במהות תפקידו נדרש הרב הצבאי להיות דמות ערכית, חינוכית ותורנית רבת רושם, אשר בכוחה להיות גורם דומיננטי ומשפיע על הלכי הרוח ביחידה ועל יכולותיה המבצעיות. בהתאם לכך נתגלע כי קריטריונים שנקבעו בעבר כמספקים אין בהם די להעמדת רבנים כמתבקש. אי לכך הוחלט כי המועמדים לתפקיד רב צבאי יוכיחו את התאמתם ביתר שאת באמצעות סף של שנות לימוד בישיבה, המלצות אישיות מראש הישיבה ומיון קפדני ומקצועי הבוחן היטב את נתוניהם והתאמתם של המועמדים בהתאם לאמור לעיל.
"במידה שלאחר כל המיונים נבחרו מועמדים אשר לא הוסמכו על ידי הרבנות הראשית לישראל קיים מסלול בו עובר הרב הצבאי הסמכה זו. ככלל, רב צבאי אשר מכיר וחווה את הווי חיי הלוחמים ובקיא בסוגיות אשר בהן נתקל לוחם - מודע יותר לצרכי החיילים ולתחושותיהם בשטח".
בתשובה לטענות לפיהן חסינות אנשי הדת אינה מאפשרת את השתתפות הרבנים הצבאיים בלחימה נמסר: "צה"ל פועל בהתאם לאמנות ז'נבה ומקיים את החובות המוטלות עליו לפי האמנות, לרבות החובות הנוגעות למעמדם המיוחד של אנשי רפואה ודת".
בדובר צה"ל הוסיפו כי "תשובה לפניית לה"ב תועבר לארגון במישרין ולא באמצעות כלי התקשורת".