גוף הערעורים של ארגון הסחר המליץ בפסיקה לדרוש מארה"ב ליישר קו עם כללי הסחר הבינלאומיים. המוסד, שהוא הערכאה העליונה של הארגון, תמך בממצאים של פאנל הסכסוכים בכמעט כל הסעיפים, ומצא כי ארה"ב לא צייתה לפסיקה קודמת בסכסוך.
ברזיל הגישה את התלונה נגד ארה"ב לארגון הסחר ב-2002. בדצמבר 2007 פסק פאנל של ארגון הסחר כי הלוואות השיווק ותשלומים נוספים שהעבירה ארה"ב למגדלי הכותנה הובילו לגידול בייצור ובייצוא הכותנה מהמדינה, שבתורה הובילה לירידה במחירי הכותנה בעולם.
ארה"ב ערערה על הפסיקה, וטענה כי שינויים שביצעה בתוכניות החקלאיות שלה אכן ישרו קו עם כללי הארגון. ממשל בוש אמר בעקבות דחיית הערעור כי הוא "מאוכזב מאוד", ורמז כי מחירי הכותנה הגבוהים היום הופכים את העניין ללא רלוונטי. שון ספייסר, דובר נציגת הסחר האמריקאית סוזן שוואב, אמר בהודעה כי "ארה"ב אינה מבצעת ולא ביצעה תשלומים שקשורים לייצור כותנה. לכן אין בסיס לטענה כי התשלומים האמריקאים משפיעים היום על מחירי הכותנה".
ברזיל לעומתה קיבלה את הפסיקה ב"שביעות רצון". משרד האוצר הברזילאי מסר בהודעה כי "אחרי אימוץ הדו"ח, ברזיל תיקח את העניין לפאנל בוררות, שיקבע את פעולות הנגד שתוכל ברזיל לנקוט נגד ארה"ב".
סובסידיות הכותנה של ארה"ב הן אחת מהסוגיות היותר טעונות בשיחות על הסכם סחר גלובלי שמקיימות חברות הארגון מאז 2001, ללא תוצאות. ממשלת ארה"ב שילמה למגדלי הכותנה שלה בין 2 מיליארד ל-4 מיליארד דולר לשנה, בשנים האחרונות.
יצרני הכותנה במדינות מתפתחות, בעיקר באפריקה, מאמינים כי הסובסידיות האמריקאיות מובילות לירידה במחירים ודוחקות את מגדלי הכותנה ממדינותיהם אל מחוץ לשוק. מגדלי כותנה באפריקה דורשים כי ארה"ב תצמצם את הסובסידיות שלה לענף ב-82%.