פחות מחודשיים נותרו עד לפתיחת קורס הרבנים הצבאיים החדש, ובצה"ל חלוקות הדעות בדרך לקביעת התכנים המרכזיים של הקורס. ל-ynet נודע כי בימים האחרונים התעוררה מחלוקת קשה בין בכירי הרבנות הצבאית לראשי בה"ד 1, ששיאו בפסילת לוח הזמנים ותכני הקורס על ידי מפקד הבסיס אל"מ אהרון חליווה. גורמים ברבנות הצבאית מאשימים את מפקדי קורס הקצינים בניסיונות השתלטות על הקורס, מגמה שלטענתם החלה כבר בשנה שעברה. נמסר כי בין נושאי הקורס שייפגעו: "הלכות צבא ומלחמה" וכן שיעורים ב"תודעה היהודית".
בקיץ 2007 חנכה הרבנות הצבאית את המסלול החדש, המכשיר בוגרי ישיבות יוצאי יחידות קרביות לתפקיד רבני גדודים במילואים. את הקורס הראשון הגדירו ברבנות "פיילוט". הוא נערך בבה"ד 1, ארך שישה שבועות וסיימו אותו 109 חניכים.
אלא שהקורס המזורז הרגיז לא רק גורמים רבניים באזרחות, שנדהמו מהאפשרות להפוך לרב ללא כל הסמכה ובזמן קצר כל-כך, אלא גם את מפקדי קורס הקצינים. אלה מתעקשים לנצל את הזמן המצומצם לכמה שיותר הכשרות צבאיות המועברות לכלל הצוערים בבה"ד 1, על חשבון התכנים הדתיים כמובן. בימים האחרונים, כאמור, פסל מפקד הבסיס אל"מ חליווה את התכנית הסופית שגיבשו ברבנות, ושלח את מארגני הקורס לבנות לו"ז חדש ולחלק בצורה שונה בין התכנים הדתיים לצבאיים.
מאבק נוסף נרשם בשנה שעברה, הפעם על זהות מפקדי הפלוגות בקורס הרבנים. גם אז ניצח בו חליווה, שדרש כי אלה יהיו בוגרי קורס קצינים, ובכך חסם את דרכם של הרבנים הצבאיים הוותיקים לתפקיד, משום שרק חלקם הקטן היו צוערים בקורס. במקומם פיקדו בשנה שעברה קציני דת על פלוגות קורס הרבנים, למורת רוחם של בכירי הרבנות הצבאית. השנה ביקשו ברבנות לשלב בין מפקדי הצוותים גם כמה בוגרי הקורס שהתקיים בקיץ שעבר, המזוהים איתה יותר.
גורם ברבנות הצבאית מחה בשיחה עם ynet על כוונת צה"ל "לנצל" בעתיד את החניכים למשימות צבאיות נוספות, וטען כי היא שעומדת בבסיס ההתעקשות מפקדי בה"ד 1 על העברת כמה שיותר תכני קצונה רגילים. "צריך לזכור שהצוערים האלה מיועדים להיות קצינים במילואים ולא בקבע, ולכן אני לא מבין על מה המהומה", טען הגורם, "הרי גם רופאים או עורכי דין אזרחים שרוצים לעשות מילואים בתחומם נדרשים לעבור קורס קצינים, וגם אז מדובר בקורס קצר ומזורז, אבל אצלם אף אחד לא יחשוב לוותר על תכנים מקצועיים שרלוונטים לתפקידם כדי ללמד אותם עוד ניווט וקריאת מפות". לטענתו, התחושה היא שבגלל שייכות הרבנים הצבאיים לשלישות יש מי שמעוניין "להשתמש" בהם גם לתפקידים אחרים בחיל.
א', מבוגרי הקורס הקודם, גילה עוד כי כבר בשנה שעברה חשו החניכים שהתכנים התורניים אינם מספקים. "עם כל הכבוד לקורס הקצינים, סדרי העדיפויות לא היו נכונים. האיזון ממש לא נשמר, ולפעמים נראה היה שמישהו שכח שמדובר גם בקורס רבנים", אמר.
סא"ל (מיל') פיני איזק, יו"ר קרן לה"ב (לחיזוק היהדות בצה"ל) ולשעבר בכיר ברבנות הצבאית, אמר ל-ynet: "על הרב הצבאי הראשי, תא"ל אביחי רונצקי, לעמוד על כך שיישמרו התכנים הרבניים-תורניים-דתיים, ויהוו את חלקו העיקרי של הקורס. כך עשינו בהכשרות הרבנים הצבאיים שנערכו כל השנים בבה"ד 11, ובכל זאת לא הזנחנו את המקצועות הצבאיים כמו שדאות, תרגילי פרט וניווטים".
"עם זאת, סמיכה לרבנות צריכה להיות הערך המוסף של חניכי הקורס", הוסיף איזק, "החלטתו של הרב רונצקי לקבל לקורס מועמדים שלא הוסמכו על ידי הרבנות הראשית חוזרת אליו עכשיו כבומרנג, משום שאז שואלים בבה"ד 1, ובצדק, מדוע חניכי הקורס אינם צריכים לעבור את אותם תכנים כמו יתר הצוערים. אני באופן אישי בכלל לא מתפלא שזה קורה".
מצה"ל נמסר בתגובה כי הקורס נבנה על ידי הרבנות הצבאית, בשיתוף עם בה"ד 1, והוא תוכנן על בסיס לקחי הקורס הראשון במתכונת זו, שנערך בשנה שעברה. "העבודה על הקורס נעשית בשיתוף פעולה מלא, מתוך אינטרס זהה, ואין שום מחלוקת מהותית, במיוחד לא בתחום התכנים", נכתב בהודעה.
עוד הסבירו בצה"ל כי עד לשנה שעברה הוסמכו רבנים צבאיים במילואים בקורס עצמאי שנערך והועבר כולו על ידי הרבנות הצבאית, ואילו המסגרת החדשה מורכבת משני חלקים - שלב בסיסי של קורס הקצינים והשלמה חילית שבה מועברים תכנים הנדרשים לרב צבאי במילואים.