בדיון שהתקיים בין ראשי משרד התחבורה והאוצר בנסיון להתגבר על החריגות התקציביות של הרכבת, נידונה חריגתה של הנהלת הרכבת בכ-4 מיליארד שקל ממסגרת תקציב הפיתוח שלה, שעומד על 29.5 מיליארד שקל. באוצר הודיעו למשרד התחבורה ולרכבת עוד קודם, כי לא יאשרו חריגה מהתקציב ודרשו להיכנס למסגרת התקציבית, גם במחיר של ביטול פרויקטים.
אנשי משרד האוצר הטיחו בהנהלת הרכבת ביקורת, לפיה האומדנים שמסרה לביצוע הפרויקטים היו נמוכים מדי ולא עמדו במבחן המציאות. הבולט שבהם היה קו הרכבת המהיר לירושלים - A1 - שעלות הקמתו חורגת בהרבה מהמתוכנן ועשויה להגיע ל-6 מיליארד שקל. בעקבות כך, הטיל האוצר על הרכבת סנקציה חריפה ביותר, כשעצר הזרמת 90 מיליון שקל שהיו מיועדים לתשלום לקבלנים שביצעו עבודות פיתוח עבור הרכבת.
היום נפגשו מנכ"ל משרד התחבורה, גדעון סיטרמן ובכירי אגף התקציבים והחשב הכללי, בראשות רם בלניקוב, כדי למצוא פתרון. אולם בסופו של דיון סוער בין בלניקוב לסיטרמן, נאלץ משרד התחבורה להציג את רשימת הפרויקטים על פי סדרי עדיפויות.
מסתמן, כי מהרשימה שהוצגה יבוטלו מספר פרויקטים, שהבולט שבהם הוא קו הרכבת המתוכנן בין אשקלון לב"ש. הקו אמור היה לחבר את ישובי הפריפריה נתיבות, שדרות ואופקים לרשת המסילות הארצית.
בנוסף, תצטרך הרכבת גם לוותר על רכישה של ציוד נייד ובו קרונות וקטרים ולוותר על ביצוע מסילה מתוכנת בין מודיעין לירושלים.
הויתורים הם בערך כספי של כ-4 מיליארד שקל - עלות החריגה מתקציב הפיתוח עליה דיווחה הרכבת. בשיאה של המחלוקת היה חשש להמשך בנייתו של הקו המהיר לירושלים, בעיקר בגלל העלויות הגבוהות הכרוכות בהקמתו.
ממשרד האוצר נמסר בתגובה כי "החל דיון על תקציב הפיתוח של הרכבת והוא יימשך בשבוע הבא".