במיקרוסופט טוענים שהקנס לא סביר. לטענת החברה, הועדה שקבעה את הקנס עשתה כמה טעויות בשיפוט, ולא הייתה צריכה לקבוע שמחירי העמלות, בגינן ניתן הקנס, היו גבוהים מדי, מכיוון שמחירים אלה היו אמורים לסייע לקיים משא ומתן בין מיקרוסופט לבין חברות המעוניינים לרכוש רשיונות מהחברה.
בנוסף, מיקרוסופט טוענת שלא ניתנה לה הזמדנות הוגנת להשמיע את דבריה, ושהועדה אף התעלמה מראיות ושהציגו מומחים שתמכו במדיניות התמחור שלה.
ג'ונתן טוד, דובר הועדה, לא מודאג מטענות מיקוסופט, וטוען שהקנס שניתן לחברה הוא תקין וחוקי לגמרי.
הקנס עליו מערערת מתווסף ל-497 מיליון יורו שמיקרוסופט כבר אולצה לשלם על עברות הגבלים עסקיים, אחרי שנקבע כי ניסתה להשתלט על שווקים נוספים תוך פגיעה בחברות קטנות יותר. בנוסף נקנסה החברה ב-2006 בסכום של 357 מיליון דולר, על שלא צייתה לפסיקת האיחוד המקורית מ-2004.
במקביל חוקר האיחוד האירופי את מיקרוסופט עקב חשד לניצול כוחה לרעה על מנת לרמוס מתחרות בשוק הדפדפנים. החקירה נפתחה בעקבות תלונות מצד יצרניות דפדפנים מתחרות ל-Internet Explroer של מיקרוסופט, הדפדפן הדומיננטי ביותר בשוק המובנה במערכת ההפעלה, ובראשן Opera.