לאחר הפיכת חמאס הקים הנשיא הפלסטיני אבו מאזן ועדת חקירה המורכבת מבכירים ברשות ובפתח, שנועדה לחקור את האירועים ואת הסיבות לתבוסה ברצועת עזה. אחת המסקנות של ועדת החקירה היתה, כי לפחות שליש מהקצינים, המפקדים, ואנשי הביטחון שימשו כסוכנים של חמאס בתוך המנגנונים האלה. גורמים ברשות אמרו אז ל-ynet כי המספר האמיתי של אנשים שעבדו עם חמאס גבוה הרבה יותר ואף כפול מזה של מסקנות הוועדה.
מיד לאחר ההפיכה קיים אבו-מאזן תחקור בשורות מפקדי וקציני המנגנונים, ורבים מהם הודחו מהשירות ואיבדו את זכויותיהם. בשבועות האחרונים ובעקבות ההסלמה במתיחות בין שני הצדדים, שבאה לידי ביטוי בהתלקחות המחודשת בין חמאס ופתח ברצועה, הגבירו ברשות את התחקירים במנגנוני הביטחון בגדה.
קצין בכיר אמר היום (ב') ל-ynet כי כאלף בעלי תפקידים הודחו מהשירות. לדבריו, חלקם הודח בגלל שנמצאו כבעלי זיקה רעיונית ופוליטית לחמאס, חלקם האחר בגלל שנתגלתה קרבת משפחתית לגורמים בחמאס. "מי שנחשד בעמדות אוהדות או מי שנמצא כי הוא קרוב משפחה, אח או אפילו שכן קרוב של פעיל או בכיר חמאס - הודח מהשירות".

אימון של שוטרים פלסטינים בג'נין (צילום ארכיון: AFP)
לטענת אותו גורם, ברשות הפלסטינית לא חוששים מהאיומים שמשמיעה תנועת חמאס. "אין היסטריה, אבל אנו לוקחים את האיומים האלה ברצינות. על-כן, אנו עושים חריש בנוגע לאנשים המשרתים עמנו, ובוודאי גם בנוגע לקבלת כוח אדם חדש". עוד הוסיף הגורם, כי מאות פעילים שגויסו בשבועות האחרונים לידי הרשות עברו תחקירים מקיפים, "כדי לוודא שלא חמק מאיתנו כל מידע שבעתיד נשלם עליו ביוקר".
המועמדים החדשים, לרוב צעירים בני 17-18, עברו תחקיר על-ידי המודיעין הכללי, הביטחון המסכל והמשטרה וזוכים לחינוך צמוד ולמעקב, "כדי לוודא שבבוא העת הם לא יפלו לידי מערכת הגיוס של חמאס", אמר הגורם. בנוסף, אוספים הגופים חומר מודיעיני על המועמדים. לדבריו, "אין ספק כי בחמאס מנסים יום וליל לחדור ולהשיג דריסת רגל משמעותית בתוך המנגנונים בגדה. זהו הלקח המרכזי מבחינתנו של האירועים ברצועה. צריך להיות בררנים בנוגע למגויסים".
הגורם הוסיף עוד כי המנגנונים כבר לא מגייסים אנשים לשורותיהם בזכות
נפוטיזם או היכרות עם אנשים מתוך שורות מנגנוני הביטחון. "הספק הקל ביותר פוסל את המועמד", אמר. "אנו מבינים שזהו קרב שיכריע בין חיים למוות ולכן הגיוס נעשה על בסיס מאוד מקצועי. תחקירי שלושת המנגנונים מוצמדים, וכל פיסת מידע נבדקת. התחקירים מאוד מקיפים".
לדבריו, התחקירים נערכים לגבי מועמדים חדשים ובאופן נוקשה הרבה יותר בנוגע לאנשים שכבר משרתים במנגנונים. בתקופה האחרונה מקיימים מנגנוני הביטחון שורה של מעצרים של אנשי חמאס בגדה המערבית ומנגד, מאיימים בחמאס להפסיק לשבת בחיבוק ידיים ולפעול. לדברי הקצין הבכיר, אין סבירות שאנשי חמאס ישתלטו על הגדה כפי שהשתלטו על הרצועה, אך התנועה יכולה לזרוע אי יציבות באמצעות פיגועים או חיסולים של מוקדי כוח ברשות הפלסטינית.
מבצע המעצרים שמקיימת הרשות הפלסטינית בגדה החל בתגובה לגל המעצרים של אנשי פתח ברצועה, אולם הקצין הבכיר הבהיר כי גל המעצרים נועד לרענן את המידע הנמצא ברשות בנוגע לניסיון התארגנות של חמאס בגדה המערבית. "איננו יכולים לומר שאין לחמאס תאים רדומים בגדה המערבית, אבל אנו עושים הכל כדי למנוע מבעוד מועד כל אפשרות שתאים אלה יהפכו להתארגנות הרבה יותר רצינית ומאיימת", אמר.