הטבות השכר והפרישה המופלגות של עובדי הבנק פורסמו בדו"ח חריף של מבקר המדינה לפני כשלוש שנים. הדו"ח פתח מחול שדים ציבורי והחריף את המשבר שהתפתח קודם לכן על אש קטנה בין העובדים לממונה על השכר באוצר. המשבר החל לאחר שפג תוקף הסכם השכר הקודם, עקב דרישת הממונה לקצץ בשכר ובעיקר בהטבות כתנאי להסכם שכר חדש. העיצומים שהפעילו העובדים העבירו את המשבר לבית הדין.
בית הדין קיבל את עמדת הבנק והממונה על השכר לפיה השבת ההטבות תחול על העובדים שפרשו משנת 1998, לעומת עמדת ועד העובדים וההסתדרות שדרשו כי ההשבה תחול על הפורשים מ-2003. משמעות הפסיקה שהיא תחול על כ-200 עובדים, אבל בהיקף שונה של החזרים. מאות עובדים שפרשו לפני 1998 לא ייפגעו, אבל גם תשלומי הפרישה שלהם נמוכים בהשוואה לאלה של העשור האחרון.
ההחזרים שיידרשו הם מהתשלומים שהעובדים קבלו כפדיון ימי מחלה וחלק מימי ההשתלמות שלא נוצלו בתקופת עבודתם. העובדים שפרשו בין 1998 ל-2003 יחזירו חלקים מתשלומים אלה בשיעור עולה לפי שנת הפרישה, 5% בשנה הראשונה, 10% בשנייה וכן הלאה.
עובדים שפרשו מ-2003 יידרשו להחזיר כל סכום שקבלו מעל 1.6 מיליון שקל. אבל אם תקרת פדיונות הפרישה שלהם מתחת ל-1.6 מיליון שקל, הם יחזירו חלק מהרכיבים של ימי המחלה וההשתלמויות, אף זאת בשיעור עולה לפי שנת הפרישה, אולם בקצב שונה - החל ב-5% בשנה הראשונה ועד 47% השנה.
לעומת זה קיבל בית הדין את עמדת הממונה על השכר, לפיה תנאים שונים של עובדים קיימים שנהנים מפנסיה צוברת יהיו כמקובל בשירות המדינה כיום. כך למשל הם לא יהיו זכאים לדרגת פרישה שעד היום הקפיצה אותם בשתי דרגות. בניגוד לעמדת האוצר, החליט בית הדין כי טענת העובדים לגבי שחיקה בתנאים שלהם לעומת משרדי הממשלה תיבדק החל מ-2006 ולא מ-2002 לפי דרישתם. הממונה על השכר דרש שהבדיקה תתחיל משנה זו.
הממונה שפרש לאחרונה, אלי כהן, סירב לחתום על הסכם השכר כשהסוגיות הנ"ל טרם הוכרעו בבית הדין. זאת לאחר שבהסכם נמשכו רוב ההטבות שניתנו בעבר לעובדים הקיימים אם כי בהיקף מצומצם. לעומתם יסבלו עובדים חדשים שהתקבלו לאחר חתימת ההסכם מתנאי שכר נחותים בשיעור 40%-15% והיקף הטבות קטן יותר מהקיים.
בנק ישראל ברך על הפסיקה. ראש האגף למשאבי אנוש רפי לנקרי שאמור להוציא אותה לפועל, ייצג את הנהלת הבנק במו"מ על הסכם השכר, לאחר שקודם לכן כיהן כיו"ר ועד העובדים והגה בשעתו את מתווה השבת הכספים שהתקבל בעיקרו בפסיקת בית הדין. לנקרי מועמד כיום לתפקיד מנכ"ל הבנק.
גם במשרד מבקר המדינה בירכו על החלטת בית הדין האזורי לעבודה בירושלים: "עמדת משרד מבקר המדינה היא כי כל עובד בשרות הציבורי שקיבל סכומים שלא כדין יאלץ להחזירם במלואם".
השופט אברהמי סיכם את הכרעתו במחמאה לעובדי הבנק, ש"עושים את מלאכתם נאמנה בעבודה חשובה וחיונית", בתקווה שמעתה הם "יוכלו להמשיך בעבודתם המצוינת כבעבר" לאחר שוך הסערה שבה נפגעו יחד עם הבנק מהסכסוך המתוקשר.