חברת נטפים תנוהל במשותף בידי שני מנכ"לים: בכיר טבע לשעבר, אלי שוחט, ומנכ"ל החברה הבת נטפים ארה"ב וחבר קיבוץ חצרים, יגאל אייזנברג. כך הוחלט היום (ה') כפשרה בין יו"ר החברה לבין בעלי החברה.
שוחט נהנה מתמיכתו של היו"ר החדש של נטפים, ישראל מקוב, לשעבר מנכ"ל חברת טבע. אייזנבג, בן קיבוץ חצרים, זכה לגיבוי מקיבוץ חצרים - בעל המניות הגדול בחברה. השניים יחליפו בתפקיד את מנכ"ל נטפים הפורש, עופר בלוך.
בלוך החליט לפרוש מתפקידו, לאחר שהיה מועמד לתפקיד מנכ"ל תנובה, ולא קיבל את התפקיד. ברקע הפרישה: החלטה אישית של בלוך כי הוא מיצה את עצמו בנטפים, וכן התערערות יחסיו עם בעלי המניות לאחר ש"פזל לצדדים".
חברת נטפים מוחזקת על ידי קיבוץ חצרים (43.6%), קיבוץ מגל (26.8%), קרן מרקסטון (13.3%), קיבוץ יפתח (9.6%) וקרן טנא (6.7%).