קרדז'יץ' אמר במהלך סדרת שימועים שנערכה לו בטרם ייפתח משפטו, בבית הדין המיוחד לפשעי המלחמה ביוגוסלביה, כי בכוונתו לערער על אמינות הדיווחים אודות המעשים האכזריים שביצע צבאו במהלך מלחמות הבלקן. באחד המקרים הוא טען כי מתקפת הפגזים שהובילה למותם של המונים בשוק בסרייבו התבצעה על-ידי לוחמים מוסלמים ולא על-ידי הסרבים.
התביעה לא הגיבה על דבריו. כתבי אישום הוגשו נגד קרדז'יץ' בגין רצח עם, לאחר שלפי החשד עמד מאחורי הטבח בסרברניצ'ה. מדובר בטבח שנחשב למעשה הזוועה הנורא ביותר באירופה של לאחר מלחמת העולם השנייה.
לדבריו, מספר הנרצחים בטבח קטן ב"אלפים" ממספרם הרווח, שעומד על כ-8,000. הוא הודה כי כמה מהאנשים שנמצאו בקברי האחים כשידיהם קשורות הוצאו להורג, וטען כי אחרים נהרגו במהלך הקרבות, כאשר הבוסנים הסרבים פלשו למקום, או במהלך הלחימה בין הסרבים למוסלמים בשנים הקודמות. "עלינו לבסס את העובדות, לדעת אם מישהו מת ב-1992, 1993 או 1995, לדעת אם הוא נהרג בקרב או הוצא להורג", הסביר.
השופט, יאין בונומי, שאל אותו כיצד בדיקות DNA יוכלו לסייע לו לבסס את קו ההגנה בו בחר לנקוט, אך קרדז'יץ' לא ענה. בונומי אף אמר כי בקשתו של קרדזיץ' עלולה לעכב את פתיחת משפטו, לה טרם ניתן תאריך יעד.
הנציבות הבינלאומית לאיתור נעדרים, האחראית על זיהוי גופות שאותרו בקברי אחים, סירבה להגיב. הנציבות נוסדה בשנת 1996 ועד כה זיהתה כ-6,190 קורבנות מתוך 8,100 הנעדרים לאחר הטבח בסרברניצה.
דבריו של קרדז'יץ' עוררו ביקורת עזה בקרב בני משפחותיהם של קורבנות הטבח. מונירה סובסיץ', העומדת בראש ארגון "אמהות סרברניצה", ומחפשת עדיין אחר עצמותיו של בנה, מוניר, אמרה כי התעצבה מאוד כששמעה את דברי קרדז'יץ'. "במקום זה", אמרה, "כדאי שיגלה לנו היכן נמצאים שאר קברי האחים".