רוסיה הודיעה הערב (יום ד') כי תיפתח חקירה לבירור נסיבות היעלמותה המסתורית של הספינה "הים הארקטי". הממשל במוסקבה ציין כי בכוונתו לפנות למדינות נוספות כדי להבין מה בדיוק אירע בשיט ואיזה מטען נשאה האניה.
הספינה, הנושאת את דגל מלטה ואנשי צוותה רוסים ולטבים, יצאה ב-21 ביולי מפינלנד לכיוון אלג'יריה, וב-28 ביולי נעלמו עקבותיה. רק ב-16 באוגוסט היא אותרה, סמוך לאיי כף ורדה, ואז החלו השמועות להתרוצץ, שעיקרן נסב סביב הסתירה בין המטען ה"רשמי" שהיה על הספינה - נסורת עצים - לבין המסתורין סביב היעלמותה. בין היתר נשמעו טענות כי הספינה נשאה טילים בליסטיים שיועדו לאיראן ולכן החוטפים היו סוכנים ישראלים.
"הים הארקטי" אותרה בתום חיפוש רחב היקף שערך חיל הים הרוסי. משרד החוץ הודיע אחרי מציאת האניה כי בבדיקה שנערכה על סיפונה לא נמצא מטען חשוד. אולם רמטכ"ל צבא רוסיה, הגנרל ניקולאי מקרוב, אמר היום כי אנשיו יחקרו את הפרשה. "אנו לא יודעים בוודאות מה היא נשאה, אנו רק יודעים שהיה עליה עץ. אולם עדיין לא ברור מה היא נשאה בנוסף לכך", אמר .
המשטרה השוודית מסרה כי קודם שנעלמה הספינה, אנשיה דיווחו כי רעולי פנים פשטו על הספינה, תוך שהם מזדהים כשוטרים מיחידה למאבק בסמים, הכו את אנשי הצוות, אך ירדו מהסיפון כעבור 12 שעות. שר ההגנה הרוסי, אנטולי
סרדיוקוב, טען בזמנו כי החוטפים שטו בסירה מתנפחת וכאשר נתקלו ב"הים הארקטי" הם טענו בפני המלחים כי הם במצוקה. כאשר הגברים עלו לסיפון הם שלפו כלי נשק והורו למלחים לשנות את מסלולם.
יממה לאחר מציאת הספינה הודיע הקרמלין כי עצרה שמונה בני אדם - אזרחי אסטוניה, לטביה ורוסיה - בחשד שחטפו את ספינת המשא. כלי התקשורת ברוסיה דיווחו כי החשודים דורשים להישפט במלטה או בשבדיה, אולם הרשויות במוסקבה הבהירו כי בכוונתם למצות את הדין עם החוטפים על אדמת רוסיה.