הפיגוע בינואר 2005 היה מתוכנן מראש לפרטי פרטים, שעה שחוליית טרור עמלה על הכנתו כבר בשנת 2004. החוליה, שכללה כמה מחבלים, תכננה לירות לעבר רכב ישראלי. לאחר שהציבו בכביש תמרור עצור, על-מנת לעצור רכב. שני מחבלים אף לבשו מדי צה"ל וירו באמצעו נשק מסוג M16 לעבר החיילים.
הנאשם היה חבר מרכזי באותה חוליה, הוא היה מתכנני הפיגוע ואף עמד כתצפיתן בכביש וסימן לחבריו אודות התקרבות רכב ישראלי. יוסי עטייה נהרג במקום ואילו אריאל בודה, נפצע באורח קשה ונפטר מפצעיו כעבור תשעה חודשים. שני הצעירים שנהרגו היו בדרכם למכינה במעלה אפרים.
ערפאת הורשע גם במספר אירועי ירי, בין היתר, אירוע שהתרחש במהלך שנת 2007, בו נפצע חייל צה"ל באורח קשה, לאחר שעמד בתחנת ההסעה בצומת אריאל.
התובע הצבאי, רב-סרן רונן שור, ציין כי חלקו של ערפאת בפיגוע בשומרון הוא מרכזי ולכן יש לגזור עונש מאסר עולם בגין גרימת מוות של כל אחד מהחיילים. השופטים בבית המשפט הצבאי בשומרון, בראשות רב-סרן דליה קאופמן, קבעו כי ערפאת אחראי למותם של שני החיילים וכן על פציעתם של אחרים, "מגואל הוא בדמם של המנוחים מכף רגלו ועד ראשו ולנו אין אלא להפנות למה שניתן לנו בדין כגמול על המעשים החמורים מכל ולהרחיק את הנאשם לצמיתות מקרב בני אנוש".