החקירה החלה לקראת סוף 2007, כאשר במשרדי יאח"ה התקבלו תלונות על חשד לאי סדרים בחברת המשקם העוסקת בשיקום נכים ומוגבלים והשמתם במקומות תעסוקה. פרץ נחקר בשנת 2009 בחשד למרמה והפרת אמונים כיו"ר דירקטוריון בחברה.
ערב החג קיבל עורך דינו מפרקליטות מחוז צפון הודעה על סגירת התיק.
פרקליטת המחוז הודיעה לפרץ כי התיק נסגר מחוסר ראיות. פרץ אמר עם קבלת ההודעה כי האמין בחפותו וידע כי הפרשה תסתיים כך: "מתפקידה של המשטרה לחקור תלונות שהגיעו אליה ואני שמח שזו התוצאה".
עם קבלת התלונה טענו בקריית אתא כי מקור התלונה ביריביו הפוליטיים של ראש העיר ובהם ראש העיר הקודם, חבר הכנסת לשעבר דוד ראם, שאף הוא כיהן תקופה בתפקידים בכירים בחברת המשקם. טענות אלו הוכחשו בעבר.