מהמסמך של הכנסת עולה כי בשנים 2005–2009 חלה עלייה בשיעור מצטבר של כ-31.2% בהוצאות השכר במשרד המבקר. הוצאות השכר במשרד, לפי המסמך, נוגסות בכשני שלישים מתקציב המשרד. ב-2009 הוצאו במשרד כ-160 מיליון שקל על שכר העובדים לעומת 146 מיליון שקל ב-2008, עלייה של 9%. מהנתונים עולה כי השכר הממוצע של עובדי משרד המבקר ב-2008 היה גבוה בשיעור של כ-145% למהשכר הממוצע במשק, ובשיעור של כ-63% מהשכר הממוצע של עובדי המדינה.
עוד עולה כי בשנים 2007–2009 עלה השכר הממוצע במשק בשיעור של 4.2%, השכר הממוצע של עובדי המדינה עלה בשיעור של 5.1%, ואילו השכר הממוצע של עובדי משרד מבקר המדינה עלה בשיעור של כ-11.7%.
מהמסמך של הכנסת עולה עוד כי היקף התקציב המאושר של משרד המבקר ב-2009 היה כ-352 מיליון שקל, וההוצאה למעשה באותה שנה עמדה על כ-229 מיליון שקל - שיעור ניצול של 65%. הסיבה לניצול הנמוך, לפי המסמך, היא העובדה שהמבקר מעביר עודפים משנה לשנה, ובכך מגדיל את התקציב המאושר. כמו כן קובע המסמך כי הדו"ח הכספי של המבקר מפורט יותר בהשוואה לשנים קודמות, וגם הוגש מוקדם יותר.
ממשרד מבקר המדינה מיכה לינדשטראוס נמסר בתגובה כי "מבקר המדינה שולל את עמדת הממונה על השכר בעניין זה, מאחר שהיא סותרת את חוק יסוד מבקר המדינה ופוגעת בעצמאות של משרד מבקר המדינה. מבקר המדינה ירחיב בעניין זה בדיון על ביצוע תקציב משרד מבקר המדינה ונציבות תלונות הציבור לשנת 2009, שיתקיים כנהוג מדי שנה בוועדה לביקורת המדינה של הכנסת".