החלטת הממשלה לאשר את מינויו של האלוף יואב גלנט לרמטכ"ל ה-20 של צה"ל היתה צפויה וגם ראויה. אפילו המתנגדים הלא מעטים שהקים לעצמו גלנט במהלך הקריירה הצבאית הארוכה והמרשימה שלו - בתוך צה"ל ומחוצה לו - יתקשו להטיל דופי בכישוריו וביכולותיו המוכחים כמפקד צבאי וכמנהיג.
עם זאת, קשה להשתחרר מהתחושה הלא נוחה ששר הביטחון, אהוד ברק, השתמש בגלנט ובתהליך מינויו כאמצעי לאכוף את מרותו הבלעדית על המטכ"ל והרמטכ"ל הנוכחיים, וגם על המטה הכללי והרמטכ"ל הבאים של צה"ל. תחושה זו מתחזקת לנוכח דרישת ברק כי הממשלה תקצוב מחדש את כהונת הרמטכ"ל לשלוש שנים, במקום ארבע, וכי שר הביטחון יהיה זה שבסמכותו להמליץ לממשלה להאריך כהונה זו בשנה נוספת.
אם הממשלה היתה מקבלת דרישה זו, כפי שהציע אותה ברק, היא היתה מחזירה לקדמותו את המצב ששרר מאז הקמת המדינה - מצב שבו נמנע הרמטכ"ל המכהן ככל האפשר ממחלוקות, גלויות או סמויות, עם שר הביטחון, ונוטה לבטל את דעתו בפניו, מחשש שזה לא יאשר את הארכת כהונתו בשנה רביעית. שנה שבלעדיה כהונתו של אותו רמטכ"ל, גם אם היתה מוצלחת, היתה מעוררת בציבור רושם של כישלון, והוא היה מסיים אותה עם ניחוח לא נעים של הדחה. כך קרה למשל לבוגי יעלון, שחלק על דעתו של ראש הממשלה אריאל שרון בשאלת הנסיגה מעזה, בעת שהיה רמטכ"ל.
בפועל כיהנו רוב הרמטכ"לים של צה"ל ארבע שנים, ורפאל איתן ז"ל אף חמש. כך, שלמעשה, מבחינה תפקודית וצבאית-מבצעית לא היתה משמעות לעובדה שהרמטכ"ל התמנה לשלוש שנים עם אופציה להארכה, או שכהונתו נקצבה מראש לארבע שנים. המשמעות היתה בתפר שבין המטכ"ל לדרג האזרחי הממונה עליו מטעם הממשלה, כלומר לשר הביטחון.
הניסיון מראה כי חלק ניכר מממשלות ישראל לא שרדו ארבע שנים, וכך גם שרי הביטחון. עובדה זו מעניקה יתרון אוטומטי וביטחון עצמי רב יותר לרמטכ"ל שכהונתו נקצבה מראש לארבע שנים, עם סיכוי להארכה בהחלטת ממשלה עקב "תנאים מיוחדים שייווצרו". זה בדיוק מה שקרה לרמטכ"ל גבי אשכנזי. הוא לא חשש להיכנס לעימותים גלויים וסמויים עם שר הביטחון הנוכחי, בידיעה שממילא כהונתו תסתיים בתום ארבע שנים ואם ירצה בשנה חמישית - גם היא בהישג ידו, אם הממשלה תחליט להעניק לו אותה בזכות הישגיו יוצאי הדופן בשיקום צה"ל.
אפשר להבין את ברק. יש לא מעט צדק וצידוק תפקודי בשאיפתו לקבוע חד-משמעית מיהו בעל הבית במערכת הביטחון, בעיקר לנוכח העובדה שהעימותים בין לשכתו ללשכת הרמטכ"ל הפופולרי כרסמו בסמכותו וגרמו נזק לתדמיתו בתקשורת ולמעמדו בזירה הפוליטית. לכן, כדי שתרחיש כזה לא יחזור על עצמו עם הרמטכ"ל הבא, דרש ברק מהממשלה לקצוב מחדש את כהונת הרמטכ"ל לשלוש שנים ולהשאיר את סמכות ההמלצה על השנה הרביעית בידו.
היועץ המשפטי לממשלה, עו"ד יהודה ויינשטיין, שיבש חלקית את תוכנית אכיפת המרות של ברק. הוא זכר כנראה את התהליכים המשפילים והלא ראויים שעברו רבים מהרמטכ"לים הקודמים, שנאלצו לחזר אחרי שר הביטחון וראש הממשלה בזמנם ולגייס תמיכה פוליטית כדי שיקבלו את השנה הרביעית. הוא גם הכיר את דו"ח מבקר המדינה האחרון, שמתח ביקורת חריפה על היעדר תהליכים מסודרים, קריטריונים ברורים ועל שרירות לב שאפיינו, ועדיין מאפיינים, את מינויי הבכירים בצה"ל ובמערכת הביטחון.
כתוצאה מכך הסכים היועץ לקציבת כהונת הרמטכ"ל לשלוש שנים, אך סירב להשאיר בידי שר הביטחון את הסמכות להמליץ על פי שיקול דעתו הבלעדי להאריך את כהונת הרמטכ"ל בשנה נוספת. סעיף זה עלול היה להפוך שוב את הרמטכ"ל, בעיקר לקראת סוף כהונתו הרשמית, לפודל של שר הביטחון. וינשטיין, נאמן לסדרי מנהל תקינים, הציע לממשלה כי הכהונה לא תוארך בשנה נוספת מעבר לשלוש, אלא אם תחליט הממשלה שנוצרו "תנאים מיוחדים" המחייבים זאת. הממשלה קיבלה את דעתו ובכך הקהתה במידה ניכרת את חוד מלמד הבקר הממשלתי, שבאמצעותו רצה ברק לאלף את הרמטכ"ל ואת אלופי המטכ"ל עד סוף כהונתו.
החלטה זו, הנוגעת לרמטכ"ל ולמטכ"ל הבאים, אינה פותרת את הסכסוך הגלוי בין הרמטכ"ל הנוכחי ולשכתו, לבין ברק ואנשי לשכתו - סכסוך שהסתבך, התכער והגיע לשיא הסירחון בפרשת המסמך. פרשה זו נתנה לברק הזדמנות פז לטעון כי לא מדובר בתחרות כיפוף ידיים גרידא, או במאבקי אגו בין יושבי שני אגפי הקומה ה-14 בבניין מערכת הביטחון, אלא בפוטש נגדו. התנגדות הרמטכ"ל וסביבתו למינוי גלנט, בעיתוי שעליו החליט ברק, נתפשה על ידי שר הביטחון כניסיון של בכירים בצה"ל לכרסם בסמכותו ובתפקודו כשר הממונה על הצבא.
חקירת המשטרה שמצאה את כותב המסמך ומזייפו לא סיפקה את ברק, מפני שלא הטילה אחריות וגם לא אפשרה לנקוט בצעדים משמעתיים נגד קצינים מסביבת הרמטכ"ל. לדעתו, קצינים אלו אשמים בשותפות למזימה - אולי אפילו בידיעת או בעצימת עין של הרמטכ"ל. לכן החליט ברק להקים את ועדת בריק.
פורמלית ועדת בריק אמורה להמליץ לשר הביטחון כיצד יש למנוע הישנות פרשיות דומות בעתיד, אך בפועל נועדה להשיג שתי תכליות. האחת - להוכיח כי אכן היה ניסיון חמור מצד הדרג הצבאי הבכיר למנוע משר הביטחון למנות רמטכ"ל על פי שיקול דעתו, תוך פגיעה בסמכויותיו של הדרג האזרחי הממונה על הצבא. השנייה - להכריח את הרמטכ"ל להדיח את עוזרו, אל"מ ארז וינר, ועוד כמה קצינים בכירים בסדיר ובמילואים מסביבתו, ואולי אפילו לפרוש בעצמו.
האלוף במיל' יצחק בריק מוכר כאיש ישר וכאיש צבא מקצועי לעילא, אך אסור לשכוח שהוא מונה על ידי שר הביטחון ברק וכי מטבע הדברים, הוא יצטרך לרכז את חקירתו בקציני צה"ל, ולא בסביבתו של שר הביטחון.
הרמטכ"ל אשכנזי הרים את הכפפה בלי למצמץ והודיע כי הוא מתכוון להשלים את תקופת כהונתו עד תומה. בכך למעשה הצהיר כי הוא משוכנע מעל לכל ספק כי יוזמת "מסמך גלנט" לא באה לאוויר העולם על דעתו או בידיעתו, וכי גם עוזרו אל"מ וינר הסתבך וסובך בלי כוונה מצידו, וכי לא פעל בניגוד לכללי האתיקה המחייבים את הקצונה בצה"ל. בכך תם פרק נוסף בפרשה המכוערת הזו - אך הסיפור עדיין לא נשלם.