החשדות כלפי פרופ' אילן התעוררו כבר לפני חודשים ארוכים. בעקבות ממצאי חקירה פנימית שניהלה רקטור האוניברסיטה העברית, שרה סטרומזה, הורחק פרופ' אילן ממשרת ההוראה בה החזיק. החקירה הפנימית העלתה חשדות שפרופ' אילן היטה תוצאות מחקרים וזייף אותם וכן איים על חוקרים ורופאים אחרים שחששו להעיד נגדו.
במסגרת העמדה לדין משמעתי, מובא עניינו של חבר סגל אקדמי בפני הרכב של דן אחד או שלושה דנים, בהתאם לחומרת התלונה. לפי תקנון האוניברסיטה עולה כי "ועדת המשמעת נועדה להבטיח פעילות מחקרית והוראתית תקינה והגינות בפירסום מחקרים". בין סמכויותיה של הוועדה ניתן למנות הפסקת פעילות הוראה, הורדה בדרגה ואף פיטורים מהאוניברסיטה. כל זאת במקרים של הרשעה בעבירות משמעת שונות בהן ניצול לרעה של מעמד במילוי תפקידי הוראה, הדרכה או מחקר, פעילות המנוגדת לכללים לגבי עבודה מדעית או פירסומה ועוד.
מדובר בפרשה מביכה לבית החולים הדסה, שבחר להעניק גיבוי מלא לפרופ' אילן, שנחשב לרופא מוערך. מהאוניברסיטה העברית נמסר בתגובה כי "בשלב זה הבדיקה נמשכת, כל ההליכים חסויים ואיננו יכולים לתת מידע בנושא". בהדסה לא מסרו תגובה לדברים בשם פרופ' אילן, ואילו הוא עצמו מסר: "אני לא יודע על מה מדובר. לשאלות שלא בנושא רפואה יש לפנות לדוברת הדסה".