המוזיאונים הגדולים והמזוהים ביותר עם הנצחת השואה הם "יד ושם" בירושלים ומוזיאון לוחמי הגטאות בקיבוץ הנושא את אותו השם, אך מרגשים ומעניינים לא פחות הם המוזיאונים הקטנים והפחות מוכרים, שמעצם גודלם מתמקדים בפן מסוים של השואה וימי מלחמת העולם השנייה.
בהיכל שלמה מוקרן מייצג מרגש, "ובכל זאת האותיות פורחות", שדן בקשר שבין השואה לזהות יהודית ולתקומה. במוזיאון בית הגדודים מתועד סיפורם של מתנדבי היישוב היהודי בצבא הבריטי, שנלחמו באירופה ופעלו להצלת יהודים, ובמוזיאון יד מרדכי נחנך רק בשנה שעברה אגף ובו שיחזור של גטו ורשה. מעצם מורכבותם של התכנים, ברוב המוזיאונים אפשר ומומלץ להצטרף לסיור מודרך.
מוזיאון מפתיע ומרגש השואב את המסייר בו אל נבכי החוויה היהודית. המוטיב המרכזי שמוביל את הקו התוכני במוזיאון נע סביב השאלה כיצד שרד העם היהודי במשך כ-3,500 שנה. בין חדרי המוזיאון מוצגים פרטי יודאיקה, עבודות אמנות, ספרי תורה ועוד אוספים שלמים המעבירים את המהות היהודית באופן צנוע אך מקיף ומעורר השתאות.
ביקור במיצג "ובכל זאת האותיות פורחות" אפשרי בתיאום מראש בלבד והוא מומלץ ביותר. המיצג דן בקשר שבין השואה לזהות יהודית ולתקומה. על איכות המיצג אפשר להתווכח אבל המסר שעובר בו מטלטל, מותיר מקום למחשבה ומתחבר היטב עם המוטיב המרכזי של המוזיאון - הישרדות מהי.

סיור אל נבכי החוויה היהודית. מגילות בהיכל שלמה (צילום: כלנית גרינברג)
המוזיאון מתעד את קורותיה של יהדות אירופה מראשית המאה ה-20 ועד הקמת מדינת ישראל ומלחמת העצמאות. תצוגות המוזיאון ותכניו מתחברים אל מיקומו של המוזיאון הנמצא בקיבוץ יד מרדכי שליד אשקלון. הקיבוץ נקרא על שמו של מפקד מרד גטו ורשה, מרדכי אנילביץ', ותיעוד תקופת השואה מתמקד בגטו ורשה, כולל אגף חדש שנחנך בשנת 2010 ובו דגם המשחזר את גטו ורשה כולל הבונקר ברחוב מילא. כמו כן מציג המוזיאון את מפעל יישוב הארץ בתום מלחמת העולם השנייה בדגש על ההתיישבות בדרום הארץ.

נקרא ע"ש מפקד מרד גטו ורשה. מוזיאון משואה לתקומה (צילום: דוד גארי)
להבדיל ממוזיאונים אחרים, התערוכות במוזיאון בית הגדודים מתמקדות בסיפורם המרתק של מתנדבי היישוב היהודי שלחמו במסגרת הצבא הבריטי במלחמות העולם הראשונה והשנייה. בתחילה עסק המוזיאון בתיעוד סיפורם של הגדודים העבריים במלחמת העולם הראשונה, בשנת 2009 נוספה תערוכה המתייחסת אל מלחמת העולם השנייה ומתעדת את סיפורה של הבריגדה היהודית, המפגש הבלתי אמצעי של המתנדבים עם ניצולים יהודיים באירופה וחלקם של המתנדבים הלוחמים במפעל ההברחה והעפלה של הניצולים לארץ ישראל. המוזיאון שוכן בפאתי מושב אביחיל שמייסדיו שירתו בגדודים העבריים והם גם שיזמו את הקמת המוזיאון.

בית הגדודים (צילום: באדיבות מוזיאון בית הגדודים)
המוזיאון הוא חלק ממכון משואה המשמש כבית ספר מרכזי להוראת השואה. התערוכה המרכזית במוזיאון בשם שישה מיליון קטגורים, מתמקדת בייצוג השואה על ידי העדים שהעידו במשפט אייכמן ומוצגים בה למעלה מ-150 קטעי עדות מבית המשפט. תערוכה נוספת במוזיאון שאקטואלית גם לימנו "מה היתה המילה שואה" עוסקת בשיח התרבותי והחברתי בישראל סביב נושא השואה מתום ימי מלחמת העולם השנייה ועד היום.
מרתף השואה הוקם כפינת התייחדות והנצחה לימי השואה, והיה לאתר ההנצחה המרכזי עד להקמת "יד ושם" באמצע שנות ה-60. את קירות המרתף ואת החצרות מסביב מכסים מאות לוחות שיש שעליהם חקוקים שמותיהן של כ-1,500 קהילות שאבדו בשואה. במבנים דמויי קברים, מחופים זכוכית, שמורים ספרי תורה חרוכים וקרועים, מרביתם שרידים מליל הבדולח ב-9 בנובמבר 1938. בארונות נוספים מוצגים ילקוטים, נרתיקים, סוליות נעליים ועוד, שכולם נעשו מגווילי ספרי תורה שחוללו. אחד המוצגים הבולטים הוא סידור שכתב מזיכרונו יהודי במחנה בוכנוואלד.

אתר ההנצחה המרכזי עד "יד ושם". מרתף השואה (צילום: כלנית גרינברג)
אתר ההנצחה המרכזי להנצחת השואה בישראל, שוכן על הר הזיכרון במערב ירושלים. מבנה הזיכרון המרכזי באתר הוא "אוהל יזכור", המשמש מקום התייחדות עם זכר קורבנות השואה. על רצפת המבנה חקוקים שמותיהם של 22 מחנות ריכוז ומחנות מוות באירופה ומתחת לרצפה טמון אפר נספים שהובא ממחנות המוות.
מבנה המוזיאון החדש מחולק לתשע גלריות הסוקרות את התפתחות האירועים החל מעליית הנאצים לשלטון ועד סיום מלחמת העולם השנייה, לצד סיפורן המר של הקהילות היהודיות. בהיכל השמות, היכן שלרוב מסתיים הביקור, מונצחים שמותיהם של שלושה מיליון יהודים שנספו בשואה. כאן גם יכולים המבקרים לחפש מידע על מכריהם וקרוביהם.
מוזיאון לוחמי הגטאות למורשת השואה והמרד, הוא מוזיאון השואה היחיד שהוקם בידי הניצולים עצמם. המוזיאון נוסד בשנת 1949 יחד עם הקיבוץ, שמייסדיו היו ניצולי שואה. במקום יש מכון מחקר ושני מוזיאונים - מוזיאון השואה והמרד ומוזיאון יד לילד להנצחת מיליון וחצי הילדים היהודים שנרצחו בשואה.
אחת מתצוגות הקבע - "בית עדות", מתעדת את סיפורם של מייסדי הקיבוץ. יד לילד מותאם במיוחד עבור הקהל הצעיר, כך שגם ילדים יוכלו להיחשף למידע ולעדויות שלא קל להעבירן לקהל צעיר. המוזיאון מקדיש מקום מיוחד למחנך הידוע יאנוש קורצ'אק.