הוויכוח פרץ לאחר ששר התמ"ת שמחון ביקש לדחות את ההחלטה בעניין התקציב, ולהקים ועדה בהשתתפות משרדו, שתקבע כיצד יחולק נטל המימון של עבודות השיקום. לפי תוכניתו של ארדן, המפעלים האחראים לזיהום הנחל יקצו לטובת פעולות הניקוי 120 מיליון שקלים. במסגרת ההידברות עמם כבר הושגו 90 מיליון שקלים, אולם מפעלי הכימיקלים בחיפה כימיקלים מסרבים להעביר את חלקם היחסי, הנאמד ב-30 מיליון.

נחל קישון. בשנים הקרובות יפונו מזהמים מהקרקעית
השר ארדן זעם על דרישתו של שמחון והביע התנגדות עזה, בטענה כי הקמת ועדה נוספת תתקע את התקדמות הפרויקט. במהלך הדיון הסוער האשים ארדן את שמחון: "אתה מייצג את החברים שלך בתעשייה. נעשו כבר כל הבדיקות בעניין הזה, נבדקו החומרים המזהמים וחלקם היחסי, ולפי זה נקבע כמה כל מפעל צריך לשלם. אני לא אתן לעכב את התהליך", הוא הדגיש.
ראש הממשלה נתניהו נאלץ להתערב פעמיים בדיון ודפק על השולחן בניסיון להרגיע את הרוחות. הוא השווה את הוויכוח בין השרים למריבות בין בניו המתבגרים, יאיר ואבנר. השר בני בגין אף עזב את הישיבה עם עליית הטונים, באומרו כי אוזניו לא עומדות ברעש. גם השרה לימור לבנת ציינה כי הישיבה הפכה למפגע רעש.
בסופו של דבר, עם שוך הצעקות, אושר תקציב המיזם חרף התנגדותו של השר שמחון. לפי ההחלטה, המדינה צפויה לממן 90 מיליון מעלותה הכוללת של התוכנית, במסגרתה יפונו במהלך שלוש השנים הקרובות מזהמים מקרקעית הנחל ובריכות הבוצה, ויבוצעו עבודות להמשך פיתוח פארק הקישון שהוקם לאחרונה.
גורמים מטעמו של שר התמ"ת הבהירו כי הוא ייצג בדיון את התעשיינים בהתאם לתפקידו, ולא צעק על השר להגנת הסביבה. בלשכתו של השר ארדן ציינו בתגובה, כי הוא לא מסכים לדחייה בפרויקט החשוב הזה, וגם לא יוותר למפעלים שזיהמו את הנחל במשך שנים.