קונטאדור נמצא חיובי בבדיקת סמים שגרתית ביום המנוחה של הטור ב-21 ביולי 2010, לאחר שבדמו התגלה חומר מסוג קלנבוטרול. לטענתו של הספרדי, החומר האסור היה בסטייק שאכל באותו יום, והוא אמר בזמנו כי "סבלתי מהרעלת מזון, וזו הסיבה למציאת החומר המדובר בגופי".
קונטאדור המשיך לזכיה בטור, אולם לאחריו הורשע על ידי התאחדות האופניים בארצו והושעה לשנה. בית הדין לספורט בספרד התערב בהחלטה, וביטל אותה כמה ימים לאחר מכן. הסאגה הזו לא נעלמה מעיני איגוד האופניים העולמי והרשות למלחמה בסמים בספורט, שהחליטו להגיש תביעה ל-CAS.
האחרון דן בתביעה כחצי שנה, במהלכה הספיק קונטאדור לזכות בג'ירו ד'איטליה ולהשתתף בטור ב-2011, שם הגיע חמישי. מלבד ההשעיה והקנס הכספי (2,485,000 אירו), נלקח מקונטאדור התואר בטור ב-2012 והועבר לאנדי שלק, כמו גם התואר באיטליה שנה לאחר מכן.
"דיברתי עם עורכי הדין שלי והחלטתי שאין טעם לערער, משום שהם טענו שזה יהיה בזבוז זמן בלי אופק לעתיד", אמר קונטאדור. רוכב האופניים של קבוצת "סאקסו בנק" יוכל לחזור להתחרות באוגוסט הקרוב, מה שימנע ממנו את ההשתתפות באולימפיאדה. הספרדי מתכוון לההשתתף בוואלטה אספניה ובאליפות העולם השנה.