מבקר המדינה מותח ביקורת על כמה בכירים במערכת הביטחון. בדו"ח שהתפרסם אחר הצהריים (יום ג') הופנתה בין היתר הביקורת נגד מנכ"ל משרד הביטחון אודי שני. בפרק העוסק בקידום ובפיקוח על עסקאות ייצוא ביטחוני, ציין המבקר כי יש ליקויים, חלקם מהותיים, שנפלו בחמש עסקאות. באותן עסקאות, לדברי המבקר, התנהלו בכירים במשרד הביטחון, ובראשם מנכ"ל המשרד שני, שלא בהתאם לדפוסי מינהל תקין.
עוד בערוץ החדשות של ynet:
מקורבי מופז: "ועם לבני הם בטוח יהיו בכנסת?"
לפיד הציג תוכנית לגיוס לכולם: "לא שונא חרדים"
המבקר העיר בחומרה כי "נוכח הרגישות המדינית שבייצוא הביטחוני, המצב של אי מילוי הוראות חוק הפיקוח ותקנותיו ביחס לתיאום ולהתייעצות עם משרד החוץ, מעלה חשש לפגיעה באינטרסים המדיניים של מדינת ישראל". עוד העיר המבקר כי "על משרד הביטחון להפיק את הלקחים העולים מדו"ח זה ולוודא כי הם לא יחזרו על עצמם".
המבקר גם התייחס למערכת "חץ דורבן" שפותחה להגנה על טנק המרכבה. המערכת משלבת בין היכולת של רפאל לזו של תע"ש. ביוני 2010 הוחלט במשרד הביטחון שלא לאשר את התוכנית. לאחר החלטה זו הופסקה העבודה מול תע"ש.
המבקר קובע כי היו ליקויים משמעותיים בתהליכי קבלת ההחלטות במשרד הביטחון ובצה"ל, בעניין ההתקשרות לפיתוח ולייצור של מערכת הגנה אקטיבית לטנק, ובכלל זה פגמים בעבודת המטה וכן בפעילות במשרד הביטחון, שלא בהתאם לחוק חובת המכרזים. הוא כתב בהמשך הדו"ח כי על סגן הרטמכ"ל ומנכ"ל משרד הביטחון לתת את דעתם כל אחד בתחומו לליקויים, כדי שיופקו לקחים.
המבקר כתב כי הוא ער לשאיפה של מערכת הביטחון לבחור בהקדם במערכת מיטבית באמצעות שילוב טכנולוגיות המפותחות בתעשיות השונות. עם זאת, הוא הוסיף, לנוכח ההחלטות בצה"ל ובמשרד הביטחון להתקין מערכות הגנה אקטיבית על טנקי המרכבה – החלטות שמשמעותן הצטיידות במערכות בעלות כוללת של מיליארדי שקלים, ונוכח קיום שני ספקים שמציעים לצה"ל את המערכת מתוצרתם - ראוי שצה"ל וגם משרד הביטחון יבצעו בדחיפות בחינה מערכתית סדורה של המשמעויות המבצעיות, הכלכליות והלוגיסטיות של פיתוח והצטיידות במערכת הגנה אקטיבית על כלי הרכב המשוריינים, תוך הקפדה על חובת המכרזים.
כיוון שבפועל ניסיונה של העובדת לא תאם במלואו את דרישות הסף, נבנתה עבורה בצה"ל תוכנית הכשרה וחניכה מקיפה מיוחדת. תוכנית זו כללה לימודים בנושאים שונים במסגרת קורסים חיצוניים ופנימיים. המנכ"ל הבא שני אִשרר למעשה את החלטתו של בוכריס.
המבקר העיר בנושא זה למנכ"ל משרד הביטחון כי נוהג שהשתרש, אשר משמעותו אי קיום הוראות המשרד ותוצאתיו פגיעה בעקרון השוויון ובעקרון מתן הזדמנות לתחרות הוגנת, אינו יכול להוות הצדקה לאשרור החלטה על ידיו.
ממשרד הביטחון נמסר בתגובה כי "משרד הביטחון מצר על כך שצוות הביקורת לא מביא לידי ביטוי את המורכבות והרגישות שבניהול מערכות יחסים אסטרטגיות-ביטחוניות עם מדינות שונות, ואת המשמעות האסטרטגית שיש למערכות יחסים אלה בשימור היתרון האיכותי של צה"ל. ייתכן שרק
בעוד עשרות שנים ניתן יהיה לחשוף את תרומת מערכות יחסים אלה לטובת אינטרסים חיוניים ואסטרטגיים של ביטחון מדינת ישראל. אין חולק על כך שפעולות אלה צריכות להיעשות בכפוף לחוק ולנהלים, אך יחד עם זאת יש מקום לשיקול דעת ומרחב גמישות במקרים ייחודיים הנוגעים למערכות יחסים אסטרטגיות".
עוד נמסר בתגובה כי "משרד הביטחון נושא באחריות לשימור מערכות יחסים אלה, שימור היתרון האיכותי של צה"ל באמצעות שיתופי פעולה בינלאומיים, טיפוח עוצמת התעשיות הביטחוניות הישראליות ועמידה בכל הכללים וההוראות. נזכיר, כי במדינות רבות מערכת היחסים הביטחונית-אסטרטגית המנוהלת על ידי משרד הביטחון תורמת רבות לקשרים המדיניים בין המדינות, ולא להפך. אנשי משרד הביטחון, המנכ"ל ואגף הפיקוח על הייצוא הביטחוני פעלו ופועלים אך ורק מתוך ראיית האינטרסים הלאומיים, הביטחוניים והכלכליים של מדינת ישראל והשמירה על חוק הפיקוח על הייצוא הביטחוני".