רשות המעברים במשרד הביטחון מקיימת תרגילים ביטחוניים במעבר הבקעה. במהלך התרגילים, שייערכו עד השעה חצות, ייסגר כביש 90 לתנועה וייפתח לסירוגין בכל 20 דקות. בנוסף, יישמעו קולות ירי ופיצוצים.