בדו"ח נכתב כי ההתנחלויות נועדו אך ורק לטובת יהודים ישראלים, וכך יוצרות מערכת של הפרדה מוחלטת. ראש הוועדה, כריסטין שאנה, אמרה שישראל, שהחרימה את החקירה, צריכה להפסיק לאלתר כל התנחלות, ללא תנאים מוקדמים.
חברת ועדה אחרת, אסמה ג'הנג'יר, אמרה כי ההתנחלויות "פוגעות חמורות בהגדרה העצמית של העם הפלסטיני". לטענתה, הדבר הוא הפרה של החוק ההומניטרי הבינלאומי.
ישראל ניתקה כל קשר עם המועצה בת 47 החברים לאחר שזו הודיעה במרס על כוונתה לחקור כיצד התנחלויות ביהודה ושומרון ובמזרח ירושלים מפרות את זכויות הפלסטינים. ירושלים מאשימה את מועצת זכויות האדם בהטיה שיטתית נגדה. ארה"ב, קנדה והאיחוד האירופי האשימו גם הן את הגוף בהתעסקות חסרת פרופורציות בסכסוך הישראלי-פלסטיני. ה"ניו יורק טיימס" דיווח כי יותר מחצי מהחלטות המועצה מאז החלה לפעול ב-2006 עסקו ביחסה של ישראל לפלסטינים.
ישראל דחתה את הדו"ח כ"מוטה" ואמרה כי הוא "פוגע במאמצים לפתור את הסכסוך". בהצהרת התגובה של משרד החוץ נכתב: "צעדים לא מועילים, כמו הדו"ח שפורסם היום, רק יקשו את המאמצים למצוא לפתרון בר-קיימא לסכסוך הישראלי-פלסטיני. למרבה הצער, מועצת זכויות האדם מתבלטת בגישתה החד צדדית ובהטיה השיטתית שלה נגד ישראל".