א. שאלת המניע. כשהיא מתבססת על דבריו של עד המדינה, גורסת המשטרה שהחשוד ששמו נאסר לפרסום נפל קורבן לתקיפה מינית על ידי פעיל מוכר בקהילה ההומו-לסבית, ועל כן החליטה החבורה על המזימה הרצחנית. אלא שכאן עולה השאלה מדוע אם כן ירה הרוצח בחפים מפשע במקום לחפש לפגוע אישית באותו פעיל, ומדוע לא "הושלמה" המשימה בימים שלאחר מכן.
ב. שאלת התקיפה המינית. המשטרה תתקשה להוכיח שהחשוד ששמו נאסר לפרסום אכן עבר תקיפה מינית. חבר של החשוד אמר ל-ynet: "כבר אז ראיתי אותו בסיטואציות משותפות עם בחורות. אפילו לא מזמן הייתה לו חברה. הוא בכלל לא בקטע של גברים". על חשד לתקיפה מינית הוא אמר: "אין סיכוי בעולם. הוא היה נער חזק. אף אחד לא היה מסוגל לעשות לו משהו בכוח".
בינתיים ממשיך החשוד להכחיש שהותקף. הוא ביקש מהחוקרים להיבדק במכונת אמת ואמר שהוא מעוניין לחשוף את שמו מאחר שלא נעברה נגדו כל עבירה.
חקירת הברנוער - כתבות אחרונות ב-ynet:
ג. שאלת הקשר בין החשודים. גם כאן מסתמכים חוקרי הימ"ר על עדותו של עד המדינה, שלפיה חגי פליסיאן קשר קשר איתו ועם טרלן חנקישייב במטרה לפגוע בפעיל הקהילה הגאה. אלא שחברים של החשודים מספרים שההיכרות ביניהם החלה זמן רב אחרי הרצח בברנוער. כמו כן, באותה תקופה התגורר פליסיאן בראשון לציון אצל אביו, וכמעט ולא היה בקשר עם משפחתו.
ד. שאלת הקשר עם עד המדינה. על פי המשטרה, תכנון הרצח וההודעה על ביצועו "המוצלח" נעשו בזמן שעד המדינה ריצה מאסר בכלא – תיאוריה מפתיעה בהתחשב בעובדה שכל עבריין זוטר יודע ששיחות טלפון שמתבצעות אל הכלא וממנו נתונות להאזנה.
כמו כן התגלתה סתירה בגרסתו של העד. מחד הוא טען שלא ידע שתהיה כוונה לבצע רצח אלא להכות את פעיל הקהילה, ומנגד הוא סיפר שהזהיר את בן זוגו לשעבר לא להתקרב למועדון הברנוער מחשש שייפגע.
והשאלה החשובה ביותר: האם החבר לשעבר יכול להעיד על האזהרה שלכאורה קיבל מהאסיר?
ה. שאלת הראיות. בשלב זה חוקרי ימ"ר תל אביב לא יכולים לקשר בין האקדח לבין איש מהחשודים. אף שהם יודעים מהיכן הוא נגנב ויודעים בוודאות שהוא שימש לרצח בברנוער, אין עליו ממצאי DNA או טביעות אצבעות.